Scanpy一些应用总结

1. h5ad文件读取：

import scanpy as sc

mdata=sc.read('mdata.h5ad')

mdata.write_csvs('mdata',skip_data=False)

如果不设置skip参数的话，不会写出表达矩阵到csv。

本步骤主要用于h5ad和Seurat格式转换。服务器版本太旧，无法直接转换