这两日出现了很多次core dump，表现为qstat正常，但是在e文件中出现报错，且出现core文件。很大可能是因为 $LD_LIBRARY_PATH的错误。

一、安装MACS2

打算用pip安装。pip install MACS2
注释：这是第三个用pip安装的软件了，之前还有cutadapt和multiqc。但是失败了。。
ERROR: Command errored out with exit status 1:
command: /data/software/anaconda3-202007/bin/python /data/software/anaconda3-202007/lib/python3.8/site-packages/pip install --ignore-installed --no-user --prefix /tmp/pip-build-env-5kfedc4c/overlay --no-warn-script-location --no-binary :none: --only-binary :none: -i https://pypi.org/simple -- pip 'setuptools>=41.2' 'numpy>=1.17' 'cython>=0.29' wheel
cwd: None

下载到本地电脑
https://files.pythonhosted.org/packages/e2/61/85d30ecdd34525113e28cb0c5a9f393f93578165f8d848be5925c0208dfb/MACS2-2.2.7.1.tar.gz
再上传到服务器
运行：
tar -zxf MACS2-2.2.7.1.tar.gz
python setup.py install

image.png
于是增加了安装目录：
python setup.py install --prefix=/data/zds209/.local
因为安装cupadapt的时候已经把这个路径：~/.local/bin设定为环境变量里啦。所以这次直接就有啦，不需要再添加path了。

二、MACS2使用

project=/data/zds209/ChIP-seqtest
ls id -c id --outdir $project/bed/

-g是基因组可以是mm，或hs
-n输出文件前缀
-B 输出bgd文件，下游bigwig文件生成所需
--nodel 这个参数，用于双端测序数据
输出文件有这些：# NAME 是使用 -n 设置的输出文件前缀

1. NAME_control_lambda.bdg 和 NAME_treat_pileup.bdg

• bdg即为bedGraph格式，可以导入UCSC或者转换为bigwig格式。
  -两个bdg文件：
  • treat_pileup
  • control_lambda

2. NAME_model.r # R代码

3. NAME_peaks.narrowPeak # BED 6+4 格式

4. NAME_peaks.xls # 包含 peak 信息的 xls 文件，注意 chrStart 是1-based

5. NAME_peaks_summits.bed

• BED 格式，包含peak的summits位置，第5列是-log10pvalue。
  -如果想找motif，推荐使用此文件。

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