fasterq-dump 人多力量大
2020-12-12 本文已影响0人
nanyisk2017
fasterq-dump 人多力量大，核多干饭香
最近开始入门生信，第一次感觉到自己的头发可能要离自己远去了。
作为湿实验的大佬（自封），自然是没有什么服务器的，所以我开始了使用Windows10内置Linux子系统作为入门的第一步。
界面
作为小白用户，感觉还是很方便的（颜色真的不会改），主要是和windows本身文件互通，在/mnt下直接可以查看其它盘的文件
小姐姐的家
今天发现sra转fastq时候，使用fastq-dump的速度的速度极其感人
fastq-dump --gzip --split-e -O . SRR1039508
本身电脑配置其实还行，AMD的3600,外加32G内存，处理一个2G不到的sra文件竟然需要1个小时。
后面发现生信技能树的教程(强烈推荐报名上课呀！！！！不是托)中还有另外一个备注
#fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra
以我多年考六级的经验来着，带er的东西肯定更强（狗头）
所以先简单百度了一下，发现这个fasterq-dump支持多线程，而fastq-dump是个单线程软件，所以小学思维，6个小学生肯定打得过一个小学生。
开始装 fasterq-dump
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#有耐心的可以等，80m的大小，但是速度只有20k左右。迅雷还能快点
#常规安装
tar -xzf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#直接解压后就可以添加环境变量了
echo "export PATH=/home/nanyisk/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin:\$PATH ">>~/.bashrc
source ~/.bashrc
搞定之后就可以用tap键补齐了
没得感情的图注
首先查看帮助文档
没得感情的图注2
常规的不说，首先是-e，可以设置线程数，再者竟然有进度条选项 -p，入门生信的三周中，无数次在运行之后陷入沉思，“我在干嘛？”，“开始了吗？”，“是不是死机了？”，有进度条真的太友好了。其它的选项看不懂，先放过去了。那就先上一个数据试试。
没得感情的图注2
这是几个意思？？？？学生信最怕否定句！！！
没办法，他说啥就干啥呗
vdb-config --interactive
运行之后我震惊了。。。。第一次见这种界面的东西。以我多年考六级的经验，默认是最保险的（default）。标红加下划线的那个字母应该就是那个选项的按键。
image.png
点击f（default）之后点击y（yes），再点o（OK）,感觉这里面好像挺多东西的， 但是都不懂，就放过去了。
image.png
再来一次
nanyisk@DESKTOP-Q7CG9MK:/mnt/w/20201209-rowdata$ fasterq-dump -e 100 -p -3 -O ferd/ SRR1039508
#别问我为啥100个线程，能设置多线程的程序我都设置100个。
有进度条真的安心呀
image.png
这速度无敌了，我自己用手机记了一下时间，只需要4分26秒（time命令到底怎么用呀！！！）
image.png
生成了read1和2两个文件
