workflowr基本用法
workflowr简介
我们知道在win或者Linux上将自己的脚本上传到GitHub上我们可以通过Git插件轻松完成，那么在R上我们也可以做到将R脚本或者R markdown上传到GitHub上，并且以网页形式展现。通过R包 workflowr可以完成上传任务
想要达成这一功能的必要条件是：1.Rstudio；2.pandoc；3.Git
然后注册自己的GitHub账号就可以了
workflowr使用说明
1.安装
install.packages("workflowr")
这个包在CRAN上，直接安装即可
2.连接到GitHub
library("workflowr")
#第一次连接
wflow_git_config(user.name = "panl", user.email = "@qq.com")
#更换账号
wflow_git_config(user.name = "panl", user.email = "2461670636@qq.com",overwrite = T)
这样就连接成功了
2.创建repository
wflow_start("project")
这样我们就在对应文件夹下创建了project子文件夹
该工作流程特定的配置文件是_workflowr.yml。它将对所有R Markdown文件一致地应用到工作流重复性检查。另外最关键的设置是knit_root_dir，通过修改其设置，能确定将在其中执行文件的目录是analysis/。默认设置是在项目的根目录_workflowr.yml（即"."）中执行代码。要改为从analysis/中执行代码，请将设置更改为knit_root_dir: "analysis"
在可选的目录是data/，code/和output/。这些目录是推荐用来更好的管理整个项目的，但是如果你觉得它们没有用，可以将其删除。
data/：此目录用于存储原始数据文件。
code/：此目录用于可能不适合以R Markdown格式的代码（例如，用于预处理数据或长时间运行的代码）。
output/：此目录用于处理的数据文件以及从代码和数据生成的其他输出。
该目录中的该.Rprofile文件是常规的R脚本，在打开项目时运行一次。它包含调用library("workflowr")，确保每次打开workflowr程序项目时自动加载工作流程序。
3.构建网页
wflow_build()
并且出现界面：
查看站点：
wflow_view()
4.发布网页
(1)查看项目状态
wflow_status()
此时显示出整个项目的状态，一共有3个以Rmd结尾的文件
wflow_publish(c("analysis/index.Rmd", "analysis/about.Rmd", "analysis/license.Rmd"),"Publish the initial files for myproject")
紧接着将这3个文件publish
Summary from wflow_publish
**Step 1: Commit analysis files**
No files to commit
**Step 2: Build HTML files**
Summary from wflow_build
Settings:
clean_fig_files: TRUE
The following were built externally each in their own fresh R session:
docs/index.html
docs/about.html
docs/license.html
Log files saved in /tmp/Rtmp8kxQNC/workflowr
**Step 3: Commit HTML files**
Summary from wflow_git_commit
The following was run:
$ git add docs/index.html docs/about.html docs/license.html docs/figure/index.Rmd docs/figure/about.Rmd docs/figure/license.Rmd docs/site_libs docs/.nojekyll
$ git commit -m "Build site."
The following file(s) were included in commit 8d38136:
docs/about.html
docs/index.html
docs/license.html
docs/site_libs/bootstrap-3.3.5/
docs/site_libs/highlightjs-9.12.0/
docs/site_libs/jquery-1.11.3/
docs/site_libs/navigation-1.1/
5.部署网站
wflow_use_github("Githubname")
#push到远端
wflow_git_push()
之后再你的GitHub上部署网站，填写相应的GitHub的用户名，最后push到GitHub上去
