第三天学习linux下如何安装管理软件：

生信星球学习小组第87期DAY3-linux环境下的软件安装

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一、linux应用商店——conda简介

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生信星球-conda家族

1. conda
2. anaconda
3. miniconda

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二、用服务器下载miniconda

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清华大学开源软件镜像站

1. 下载地址：Anaconda 镜像使用帮助
2. 下载命令：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（在镜像站中找到最新版miniconda的下载链接）。

下载miniconda

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三、miniconda的安装和配置

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1. 安装命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。
2. 安装过程：按命令行提示输入yes或者回车，进行安装。
3. 安装完成：出现——Thank you for installing Miniconda3!——的提示。
4. 激活miniconda命令：source ~/.bashrc。
5. 查看是否安装成功：命令行输入conda，会出现满屏的相关信息，结尾是conda commands available from other packages: env，说明安装成功了。

conda安装、激活及调用

6. 如果安装有问题可以看看这个视频：miniconda安装视频讲解 。
7. 添加镜像网站：由于conda主站在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。目前使用清华的镜像站。命令如下：

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

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四、miniconda的使用

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1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表：conda list。
2. 搜索conda软件：conda search + 软件名称。
3. 安装软件：conda install 软件名称 -y （-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）。默认安装的是最新版本的软件，如果想安装其他版本的软件：conda install 软件名称=版本号 -y。如何确定软件已经安装好并可以使用了了？
4. 卸载软件：conda remove 软件名称 -y。如何确定软件已经完全卸载了了？
5. 设置conda环境：环境的意思类似于针对不同数据分析需求，提前设置好需要运用的软件及相关版本。
   5.1 查看当前conda有哪些环境：conda info --envs (前面带*的就是默认的)。
   5.2 建立新的conda环境：举例：比如要处理转录组数据了，那么先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）。命令为：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y。
   5.3 激活新的conda环境：需要运用某个环境进行数据处理时，可以将需要的conda环境激活。命令为：conda activate 环境名称。
   5.4 退出当前环境：就运行conda deactivate 。

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五、问题：

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1. 怎么退出conda了？
2. 我调用fastqc的时候为什么要求安装xmanager了？然后出现一个图文界面。

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