用Python整合质谱数据,转化到代谢通路中
2022-10-08 本文已影响0人
懒猪曼达
实际上质谱数据为一个txt文件,然后代谢通路为一个txt文件,将这两个文件整合比较获得这两个文件共享的蛋白质ID,获得与质谱结果相关的通路,可以由脚本读取的文件格式有CSV(用逗号分割)或TSV(用制表符分割)。
假定两个输入文件分别为:cell_cycle_proteins.txt 和 cancer_cell_proteins.txt
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实际上质谱数据为一个txt文件,然后代谢通路为一个txt文件,将这两个文件整合比较获得这两个文件共享的蛋白质ID,获得与质谱结果相关的通路,可以由脚本读取的文件格式有CSV(用逗号分割)或TSV(用制表符分割)。
假定两个输入文件分别为:cell_cycle_proteins.txt 和 cancer_cell_proteins.txt