提取参考基因组序列
2019-08-04 本文已影响0人
gtt儿_生物信息学习
如果我有一段区间，想要知道这段区间对应的参考基因组到底是什么样的序列，需要自己去写程序来把这段序列抓出来吗？不！因为已经有现成的工具可以用了。
其中一个就是samtools。
samtools faidx ref.fa chr11:111-1111
其中ref.fa为参考序列。
那么最终我们这段区间对应的序列就会输出：
>chr11:111-1111
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那如果我有很多个区间，那如何得到每个区间对应的序列呢？
可以用bedtools。
bedtools getfasta -fi ref.fa -bed test.bed -fo test.fasta
其中ref.fa为参考序列，test.bed为多个区间的bed文件，test.fasta为结果输出文件。
虽然简单，但却实用。有任何问题，欢迎留言。
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