TBtools攻略

尽管只有办公笔记本,我仍然想比对RNAseq测序数据

2023-01-19  本文已影响0人  生信石头

对于绝大多数wet-lab科研人员,开展生物信息学数据分析,遇到的问题无外乎两个:

  1. 不擅长使用 Linux 操作系统,更无时间学习一些命令行操作
  2. 计算设备配置有限,甚至现在仍然有人在用内存不高于 4G 的笔记本

于是,在有限的设备下面,如何开展一些分析,总是一个问题。自然很多人会说,你为什么不找人合作?你为什么不学一下云云?种种说法也只是说法。很多事情,没什么为什么,就是自己能搞定的,不想求别人;纯粹花合理的钱能做的,不想欠人情;人活着,不就是想体面吗?之类云云。这是一些可能的场景,毕竟我也干了7年多的湿实验,自然清楚。所以我们需要一些新的工具,去达成这些事情。
前述,我们内测了基因结构注释神器-GSAman,目前大概500人在使用,自认为体验良好。然而,有一个人群确实也有需求,但是开展不了。因为许多湿实验科研工作者手上并无合适计算设备,无法自己比对一些RNAseq数据,从而方便基因结构注释矫正。正好,我的高中同学也与我提及此事,问是否能干一个应急?或许做一个众筹插件。考虑了一两周,我觉得还是写了再说,想着也是想着。
于是有了下述功能



感觉上,这个功能或许应该是能在笔记本上跑小麦的转录组回帖?当然,我没有测试。不过,从逻辑上,应该确实可以用较低的内存,实现一些比对,尽管速度会比其他比对软件慢一些。自然,按照调用软件官方的说法,慢但是准。

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