细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞

2024-03-20  本文已影响0人  KS科研分享与服务

复现一幅图,是关于细胞通讯的展示,看起来还挺好,我们一直没有复现,一方面的原因是等着将Cellchat V2(单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程))和cellphonedb V5(单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容(视频教程))更新后再进行,另一方面是我们想着如果仅仅复现一张图,我们认为没有多大的意义,所以就将这个内容进行升华,分别针对cellchat和cellphonedb V5(V4)写了一个可视化函数,可以方便大家使用!

reference:Spatiotemporal Immune Landscape of Colorectal Cancer Liver Metastasis at Single-Cell Level
首先我们看一下函数参数:两个函数的参数基本一致,为啥没有整合为一个,那是因为cellphonedb它的输入结果并不像cellchat那么完善,只有文件,所以需要一番功夫进程数据整理,当然了,这里我们大量参考了ktplots包:


接下来我们就具体演示一下它的使用,首先是Cellchat:加载cellchat分析结果,我们展示ECs细胞与其他细胞的互作,节点用celltype数量表示:
MDA.cellchat <- readRDS("D:/KS项目/公众号文章/cellchat V2更新教程/MDA.cellchat.rds")
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat,
                               source_celltype = "ECs",
                               count = T,
                               celltype.size=T,
                               showInter=F,
                               flipped=F)

我们假设不想用celltype数量表示节点大小,用interaction数量也可以,showInter设置为T,celltype.size设置为F:这个图就和文献中是一样的了!


ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat,
                               source_celltype = "ECs",
                               count = T,
                               celltype.size=F,
                               showInter=T,
                               flipped=F)

同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype数量,那么还需要seurat对象。


ks_cpdb_sig_interCount(pval_data = sig_p,
                       significant=0.05,
                       source_celltype = "IN_ID",
                       showInter=F,
                       celltype.size=T,
                       scRNA = scRNA_Y16,
                       cellanno = 'celltype',
                       group.size = T)

cellphonedb展示互作数目:

ks_cpdb_sig_interCount(pval_data = sig_p,
                       significant=0.05,
                       source_celltype = "IN_ID",
                       showInter=T,
                       celltype.size=F,
                       group.size = F)

或者我们节点大小用celltype数量表示,颜色用互作数表示:

ks_cpdb_sig_interCount(pval_data = sig_p,
                       significant=0.05,
                       source_celltype = "IN_ID",
                       showInter=T,
                       celltype.size=T,
                       scRNA = scRNA_Y16,
                       cellanno = 'celltype',
                       group.size = T)
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