02 转录组数据分析——环境配置以及软件下载
这是转录组数据分析的第二章节，原文链接看这里：https://mubu.com/doc61Rk37B58xx#
1. 安装软件所需环境——Miniconda
为什么要安装Miniconda：
在了解Miniconda安装之前，需要知道bioconda, miniconda, conda, anaconda 四者之间的区别
Bioconda
Bioconda 是 conda 软件包管理器的一个镜像，专门从事生物信息学软件。
Conda
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，是通用的包管理器，能装pip包（例如numpy)，也能装其他语言的软件包（例如ninja, cmake)，类似360软件管家。
Miniconda
Miniconda 是最小的 conda 安装环境（大小为50Mb左右)，相当于conda+python+pip；只包含了conda、python、和一些必备的软件工具。
Anacond
Anaconda是一个开源的Python发行版本（安装包大小为400Mb左右），包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项，是miniconda的扩展。
所以，安装miniconda有几个优点：
安装包小：对电脑内存小的童鞋比较友好；
自主化：用户可以自主选择需要下载的软件；
安装方法
下载软件：桌面右击Cmder——输入clear（清空桌面，第一次打开时会有很多信息挡住界面），开始开始进行操作
Miniconda官网：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html （参考适合自己计算机的版本，一般时选择最新的 64位），苹果版本页面在后面，本次不做介绍，原理同上。
进入Cmder界面，输入代码：wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Windows x86_64.exe （下载miniconda)
等待下载完即可（下载时长，与网速有关，最好选择网络好的时段下载）
安装
等下载完全以后，开始在Cmder中输入如下命令：
bash Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe #输入刚刚安装的最新版本#
等待上一步完成以后，开始按enter--三下空格--输入yes--再按一下enter--输入yes；
输入命名：source ~/.bashrc
如下图：
移除安装包：rm Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe
配置安装镜像
直接在Cmder中黏贴复制以下命名就行：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda
config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda
config--add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda
config --set show_channel_urls yes
如果后面发现下载软件比较慢，可以及时更新镜像（浏览最新的博客、公众号，添加镜像即可 ）
激活rna环境，进行转录组软件安装（重要，安装软件前别忘记了）
创建名为rna的软件安装环境，同时安装python=2版本的软件
conda create -n rna python=2
激活/进入conda的rna环境，进行软件安装（激活以后，软件安装快到飞起）
conda activate rna
关闭当前环境
conda deactivate
2. 安装转录组软件：
这一步教程就非常多，大家有需要可以看看后面的参考文档，我会列举一些常用的软件安装，具体的软件要依据你们自己的分析需求（这一步主要参考：青山屋主的博客http://www.biotrainee.com/space-uid-424.html）
fastqc：二代测序数据质量分析软件
代码：
conda install fastqc
fastqc #测试是否能正常打开该软件
hisat2：将测序结果比对到人类参考基因组上。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用。
代码：
conda install hisat2
hisat2 -h #测试
samtools：一种处理SAM、BAM文件的工具软件。BAM格式文件是存放高通量测序中比对结果的标准格式文件。
代码：
conda install samtools
samtools –help #测试
htseq-count：htseq-count 是一款用于reads计数的软件，他能对位于基因组上的一些单位的reads数进行统计，这里所说的单位主要是指染色体上的一组位置区间（我们常见的就是gene exon）
代码：
conda install -c bioconda htseq
#手动安装ubuntu
sudo apt-get install build-essential python2.7-dev
python-numpy python-matplotlib
#Redhat系列 包括CentOs
sudo yum install python-devel numpy
python-matplotlib
#下载HTSeq
wget
[url=https://pypi.python.org/packages]https://pypi.python.org/packages[/url]
... /HTSeq-0.8.0.tar.gz
#解压
tar -zxvf HTSeq-0.8.0.tar.gz
#安装
mv HTSeq-0.8.0 Biosoft #移动到Biosoft文件夹中
cd
HTSeq-0.8.0
#进入该文件夹
python setup.py install –user #安装
#测试 在非HTSeq-0.8.0文件夹下进行
python
>>>import HTSeq
>>>
#能够在python中导入HTSeq这个包，说明安装成功。
R：一种常用语统计分析的编程语言，在生物信息分析中用于数据分析和绘图
代码：
sudo yum install epel-release
sudo yum install r
r #测试
Rstudio：Rstudio是R的集成开发环境
代码：
conda install rstudio
rstudio #测试
参考文档：
https://www.jianshu.com/p/0534043b4471 原理详细版回答
https://www.zhihu.com/question/369468216 原理简洁版回答
https://www.jianshu.com/p/0511decff9f8 Miniconda安装过程回答详细
http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 转录组软件安装非常详细
