人体共生菌培养组
2016年起的人体共生菌培养组项目:Culturomics SPORE CGR HBC hGCM BIO-ML eHOMD
Culturomics
标题:Culture of previously uncultured members of the human gut microbiota by culturomics
中文:培养未培养肠道微生物群成员
杂志:Nature
时间:2016
单位:13385 Marseille Cedex 5, France
培养鉴定1057原核物种,新增531物种到肠道库。
SPORE
标题:Culturing of 'unculturable' human microbiota reveals novel taxa and extensive sporulation
中文:培养未培养人体微生物群发现新的分类单元和更多得孢子形成
杂志:Nature
时间:2016
单位:Wellcome Trust Sanger Institute 桑格研究院
分离培养了137菌种。
CGR
文献:1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses
中文:来自人肠道细菌的1520参考基因组促进功能宏基因组分析
单位:BGI
杂志:Nature Biotechnology
时间:2019
单位:深圳BGI生命科学研究院
提供了可培养基因组参考 (CGR),这是一组1520个非冗余、高质量的草图基因组,这些基因组来自于从健康人类粪便样本中培养的>6000个细菌。
HBC
标题:A human gut bacterial genome and culture collection for improved metagenomic analyses
中文:人体肠道细菌基因组和菌株收集
杂志:Nature Biotechnology
时间:2019
单位:Wellcome Sanger Institute 桑格研究院
Human Gastrointestinal Bacteria Culture Collection (HBC)收集了737株菌及基因组,有273物种,105新种,31个科。HBC代表了1.3万META中得83%菌属。
BIO-ML
标题:A library of human gut bacterial isolates paired with longitudinal multiomics data enables mechanistic microbiome research
中文:人体肠道微生物分离株库和纵向多组学数据使微生物组机制研究成为可能
杂志:Nature Medicine
时间:2019
单位:Massachusetts Institute of Technology 麻省理工
Broad Institute-OpenBiome Microbiome Library (BIO-ML)收集了7758肠道菌株,3632基因组序列,和纵向多组学数据。
hGMB
文献:Enlightening the taxonomy darkness of human gut microbiomes with a cultured biobank
中文:人类肠道微生物组生物库
杂志:Microbiome
时间:2021
单位:中科院微生物所
hGMB共纳入159属、53科、6门400个不同种属的1170株分离株,并保存在国际保藏机构(IDA)——中国通用微生物菌种保藏中心(CGMCC)长期保存和公众使用 全世界。
eHOMD
官网:http://www.ehomd.org/
下载:http://www.homd.org/ftp/
文章:New Insights into Human Nostril Microbiome from the Expanded Human Oral Microbiome Database (eHOMD): a Resource for the Microbiome of the Human Aerodigestive Tract
中文:人体上呼吸消化道微生物组数据库
杂志:mSystems
时间:2018
单位:The Forsyth Institute
eHOMD 上目前共有 2074 个口/鼻基因组,代表 529 个分类群(所有分类群的 67%,栽培分类群的 95%)