circm6A安装与使用

circm6A是可以进行circRNA识别和m6A检测的软件。软件地址：https://github.com/canceromics/circm6a

这个软件是用java写的，依赖java JDK 8，据悉作者是在CentOS系统开发的，而本人是在Ubuntu系统跑的，稍微有点区别。

第一步：JDK 8安装

google搜索 conda jdk8，

image.png

链接里面给了安装代码：

image

直接激活conda后进行安装：

conda activate rna
conda install -c cidermole jdk8

安装完之后检查java版本：

java -version

image.png

JDK 8.0_77。依赖环境安装成功。

第二步：circm6A安装

这个软件采用的git clone安装方法

git clone https://github.com/canceromics/circm6a
cd circm6a/huntcircRNA/src
javac -d ./ -classpath ./lib/commons-math3-3.6.1.jar:./lib/htsjdk-2.10.1.jar ./main/*.java ./genome/*.java ./mapping/*.java ./output/*.java
jar -cvmf META-INF/MANIFEST.MF ../../circm6a.jar *

下面是作者原代码：

git clone https://github.com/canceromics/circm6a.git
cd circm6a/huntcircRNA/src
javac -d ./ -classpath ./lib/* ./main/*.java ./genome/*.java ./mapping/*.java ./output/*.java
jar -cvmf META-INF/MANIFEST.MF ../../circm6a.jar *

用作者代码在ubuntu上面会失败。

image.png

第三步：示例代码

作者给了示例代码，我这里代码和原始代码有点不同

cd ../.. ##回到circm6A文件夹目录
java -Xmx16g -cp ./huntcircRNA/src/lib/commons-math3-3.6.1.jar:./huntcircRNA/src/lib/htsjdk-2.10.1.jar:./circm6a.jar  main.Main -ip test_data/HeLa_eluate_rep_1.chr22.bam -input test_data/HeLa_input_rep_1.chr22.bam -r test_data/gencode_chr22.gtf -g test_data/hg38_chr22.fa -o test_data/example_Hela

image.png

我们来看看作者原始代码：

cd ../..
java -Xmx16g -jar circm6a.jar -ip test_data/HeLa_eluate_rep_1.chr22.bam -input test_data/HeLa_input_rep_1.chr22.bam -r test_data/gencode_chr22.gtf -g test_data/hg38_chr22.fa -o test_data/example_Hela

直接跑作者这个代码，会出现Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: htsjdk/samtools/util/IntervalTree这个超级麻烦的错误。

第四步：示例数据结果

示例数据会在test_data生成example_Hela_circRNAs.txt文件。

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到这里circm6A安装成功，并且可以运行示例数据了。

感谢生信技能树@Nickier(nickier)郭老师，以及他师姐。