本地blast
2023-02-10 本文已影响0人
余绕
1. Create database
makeblastdb -dbtype prot -in human_protein.fasta -out human_protein
-dbtype：数据类型
-in：输入蛋白组数据
-out：输出库的后缀 最好和蛋白组数据一致。
2. 本地blast
blastp -num_threads 32 -query rice_sg.txt -db human_protein -out out.txt -max_target_seqs 1 -evalue 1E-10 -outfmt "6 qaccver pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore stitle"
-max_target_seqs：1
-out: 输出名字
