[目录]哈医数据库①-⑤小结Lnc2Cancer、Lnc2Met
1.哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
2.哈医数据库②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
3.哈医数据库③LncMAP、LNCat
4.哈医数据库④CellMarker、GPA
5.哈医数据库⑤TIP、SEECancer
哈医大近年来发表了30+个数据库,看完前面的①-⑤(13个),你会发觉,哈医大发的数据库关于lnc的占了蛮大一部分:
lnc
Lnc2Cancer:提供了lncRNA和人类癌症之间全面的实验支持的关联
Lnc2Meth:关于lncrna和与人类疾病相关的DNA甲基化之间的调节关系
LncACTdb:阐明不同疾病中不同类型rna之间的ceRNA关系。并鉴定lncrna相关的competing triplets揭示了癌症的global patterns和预后标志物Identification of lncRNA-associated reveals global patterns and prognostic markers for cancer
Co-LncRNA:Co-LncRNA通过分析查找与lncRNA共表达的mRNA,构建lncRNA与mRNA之间的共表达网络,并通过共表达的mRNA对应的GO和KEGG来研究lncRNA的功能
Lncmap:LncMAP数据库收集整理了20多种肿瘤中相关的lncRNA-TF-gene调控网络信息
LncCat:存储了目前可用的24个lncRNA注释资源的信息,为每个资源提供lncRNA结构的基因组浏览器,并从多个角度对这些资源之间的综合比对分析结果进行可视化。LNCat支持对不同lncRNA注释资源的快速探索、比较和整合,使研究者能够在感兴趣的区域内实现对lncRNA的精细注释.(A comprehensive overview of lncRNA annotation resources)
other
MSDD:致力于收集和存储最新的实验支持的microrna-snp疾病关联
miRSponge:miRSponge数据库(miRSponge)记录了来自近1000篇文章的手工整理后的11个物种中的576个sponge-miRNA互作和457个ceRNA关联
FACER: 提供搜索和下载640个功能CRs(33种癌症类型)的基本信息和多组学特征(表观遗传染色质调节剂的分子和功能的综合表征)(CRS是表观遗传染色质调节因子的缩写)
CellMarker数据库:旨在为人类和小鼠组织中的各种细胞类型提供一个全面、准确的cell marker资源。
GPA:GPA包含超过3000个不同细胞类型的单基因干扰转录组(17769个样本),涉及628个蛋白质编码基因,95个miRNA,14个人类miRNA和731个蛋白质编码基因,39个miRNA,78个小鼠miRNA。
TIP TIP (Tracking Tumor Immunophenotype) is a meta-server,它系统地集成了现有的两种第三方方法“ssgsea”和“cibersort”,利用RNA序列或微阵列数据(RNA-seq or Microarray data.),跟踪、分析和可视化抗癌免疫状态和肿瘤浸润免疫细胞在七步癌症免疫循环中的比例。
SEECancer:SEECancer数据库提供了全面的癌症进化阶段特异性的体细胞事件(包括早期特异性、晚期特异性、复发特异性、转移特异性、耐药和药物诱导的基因组事件)及其时间顺序
其他参考资料:
lnc2Cancer:lncRNA相关肿瘤数据库
Lnc2Meth:与疾病相关的lncRNA上的甲基化位点
Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库
文章解读 |FACER:表观遗传染色质调节因子的综合分子和功能表征
LncMAP:lncRNA-TF-gene调控网络数据库
肿瘤免疫研究的新工具--TIP