差异代谢物的KEGG通路展示
2019-05-12 本文已影响0人
Dayueban
导读
关于如何将差异分析所得（上调或者下调）的代谢物进行KEGG通路的一个展示，除了利用大家熟知的Metaboanalyst[1]，以及R软件包Pathview[2]之外，今天在公众号“omicsPie组学派”上有老师提出了可以用KEGG官方网站上的小工具进行相应的分析，话不多说，按照流程先来一遍。
1 | 找到网址
网址：https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html，进入到页面，如下图所示
图一
2 | 按照图一输入的代谢物的KEGG id后运行到的结果如下：
图二
2.2 | 选择map00471通路
图三 D-Glutamine and D-glutamate metabolism
- 这样可以清晰的看出我们分析结果得到的代谢物处于哪些代谢通路中，并且可以知道其上下游通路的代谢物是什么，为后续的生物学机制分析指明方向。
References
[1] Metaboanalyst: https://www.metaboanalyst.ca/faces/ModuleView.xhtml
[2] Pathview: http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pathview.html
