【RNA-seq自学01】conda

2020-07-05  本文已影响0人  Brickvstar

conda像是手机上的应用商店,可以下载安装Linux系统上的各种软件。

Bioconda是conda软件包管理器的一个镜像,专门从事生物信息学软件。

Miniconda是最小的conda安装环境。

miniconda的下载安装

进入miniconda的官网Miniconda — Conda  documentation,找到Miniconda3 Linuxl 64-bit,右键复制链接,在Linux命令行中用wegt命令下载。

miniconda的下载:

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda的安装:

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

激活配置:【source ~/.bashrc】

清华镜像(可以使下载速度大大加快):

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用方法:

查找软件【conda search ABC

安装软件【conda install ABC】默认为最新版本

conda的升级方法【conda upgrade -all】

推荐:软件tree(可以使文件以树状结构呈现~)

下载:装好了miniconda之后,可以直接使用conda来下载【conda install tree】

使用:到目标目录的上一级目录下【tree EF

Linux文件的树状结构
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