GATK4——gVCF转VCF

gVCF文件生成：
GATK4 —— Variant Calling （SNP+indel） - 简书 (jianshu.com)

gVCF中记录每一个位点到情况，包括有无突变，VCF只记录突变位点情况。

说明书：
https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/4404607598875-GenotypeGVCFs

输入文件：

• 参考基因组
• gVCF文件

$ gatk --java-options "-Xmx100g -XX:ParallelGCThreads=4" GenotypeGVCFs \
    -R ~/ref/Mparg_v2.0.fa \
    -V LPF1_MP.g.vcf.gz \
    -O LPF1_MP.vcf.gz

比较gVCF文件和VCF文件大小，还是差别很大的。

确定vcf文件中变异总数

$ gatk CountVariants -V LPF1_MP.vcf.gz
Tool returned:
490555

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