使用EvidenceModel将基因注释结果合并

前期可以用cat将几个软件的结果合并进一个文件，这里只用基因预测和转录本预测两个结果：

#将所得结果分割
~/tools/EVidenceModeler-1.1.1/EvmUtils/partition_EVM_inputs.pl \
    --genome H7L1.arrow.polish.fasta --gene_predictions H7L1.gff3  \
    --transcript_alignments transcripts.gff3  --segmentSize 100000 --overlapSize 10000 --partition_listing partitions_list.out

#生成命令列表
~/tools/EVidenceModeler-1.1.1/EvmUtils/write_EVM_commands.pl --genome H7L1.arrow.polish.fasta --weights `pwd`/weights.txt\
        --gene_predictions H7L1.gff3 \
        --transcript_alignments transcripts.gff3 \
        --output_file_name evm.out --partitions partitions_list.out >  commands.list
#运行命令
sh commands.list
#合并生成结果
~/tools/EVidenceModeler-1.1.1/EvmUtils/recombine_EVM_partial_outputs.pl --partitions partitions_list.out --output_file_name evm.out
#转换格式
~/tools/EVidenceModeler-1.1.1/EvmUtils/convert_EVM_outputs_to_GFF3.pl  --partitions partitions_list.out --output evm.out  --genome H7L1.arrow.polish.fasta
find . -regex ".*evm.out.gff3" -exec cat {} \; | /public/home/fengting/miniconda3/envs/GS/bin/bedtools sort -i - > EVM.all.gff

附件：
evm下载包：
链接：https://pan.baidu.com/s/1XR1SIqF5C_WOV1D-2zIlTQ
提取码：uqdu