snp 突变命名 速查
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"g.” ---- genomic sequence(基因组) (例如:g.189 G>C)
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“c.” ---- cDNA sequence(cDNA) (例如:c.333 G>T)
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“m.” ---- mitochondrial sequence(线粒体) (例如:m.986 T>C)
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“r.” ---- RNA sequence(RNA) (例如:r.76 U>G)
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“p.” ----protein sequence(蛋白序列) (例如:p.K97A)
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g.189 G>C:表示第189位G变为C
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g.189+1G>T:表示第189位后的内含子区第一个核苷酸由G变成T
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IVS2+1G>T:表示内含子2的第一位由G变成T
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190-2A>C(或IVS2-2A):表示第190位上游的内含子区第2个核苷酸由A变成C,或内含子2倒数第二位A变成C
① 错义突变表示方式(missense):W26C 表示26位的色氨酸(Tryptophan,W )变为半胱氨酸(Cysteine,C)。
② 无义突变表示方式(nonsense): W26X表示26位变为终止密码子(stop condon, X)
③ 起始密码子改变的表示方式:其实密码子的改变要么导致翻译起始位置后移(下一个ATG行使起始密码子的功能),要么导致蛋白无法被翻译出来,可以表示为 p.?(unknown,未知),如果实验没有对蛋白情况进行正式,那么表示为p.0
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g.196-197del:表示第196-197位的碱基缺失
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g. 96-197delAT:表示第196-197位的碱基缺失,缺失碱基为AT
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EX3-5del:表示第3到第5外显子缺失
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IVS2-IVS5del:表示第2到第5内含子缺失
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如果缺失的这一段序列,起始于第二内含子上的任意位置(假设为cDNA序列的第88位碱基之后),终止于第五内含子上的任意位置(假设为cDNA序列的第923位碱基之前),可以表述为:88+? - 923-?
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g. 197-198insT:表示第197-198位的碱基之间插入了T碱基
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77–79dup:表示第77位至第79位碱基的重复
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77_79dupCTG:表示第77位至第79位碱基的重复,重复序列为CTG
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g.192(AG)3:表示第192位的碱基后存在3个AG重复碱基
(1)插入/缺失(indels),就是插入缺失相结合的一种情况,具体如下:
- 以正常序列ATAGGGAGCC为例(A代表第191位碱基),当缺失掉AGGGA碱基后,又在同一位置插入了TG碱基,序列变为ATTGGCC。可以表述为:193-197delinsTG 或 193-197delAGGGAinsTG或112_117>TG
(2)倒置(Inversions),“inv”通常用来表示核酸序列的倒置,具体如下:
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以正常序列ATAGGGAGCC为例(A代表第191位碱基),当序列倒置时,序列变为ATCGAGGGAC。可以表述为:
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193-199inv:表示第193位至197位的碱基序列发生倒置
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193-199in7:表示第193位至197位的7个碱基序列发生倒置
(3)不同等位基因上的SNP,具体表示规则为:[等位基因1]+ [等位基因2],例如:
- [191A>C] + [191A>C] :表示第191位碱基为纯合子的A、C突变
- [191A>C] + [?] :表示一个等位基因的第191位碱基为A、C突变,另外一条未知
(4)等位基因上存在2个突变,具体表示规则为:[突变1]+ [突变2],例如:
- [191A>C ; 197G>C] :表示第191位碱基存在一个A、C突变,第197位碱基存在一个G、C突变。