火山图

• 标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P<0.05，差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)>=2.0作为标准。

  
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• 我们就把虚线Y=1.30以上，X=1右侧和X=-1左侧的基因标记为表达显著差异的基因，一般我们把大于2倍（X=1右侧）的点标记为红色，把小于-2（X=-1左侧）的点标记为绿色，一些我们特别关注的基因需要把基因名标记出来。

画火山图首先要拿到基因表达的P值（Pvalue)和倍数(Fold Change)，再对倍数进行㏒2转化作为横坐标，p值作为纵坐标，即可画出火山图。

基因表达矩阵：行代表一个基因在不同环境条件下或不同时间点的表达，列代表不同条件或样本下(如组织、实验条件、处理因素等)所有基因的表达情况，每个格子的数据表示特定的基因在特定的样本中的表达水平。

参考文章：
https://www.sohu.com/a/159512191_652735