2022-01-21MUMmer4+SyRi进行基因组结构变异鉴

1. MUMmer4安装

## install conda create -n mummer4 -c bioconda mummer4  （直接conda安装就好了）

用MUMmer4的软件进行比对

## nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 Facontigsaved.fasta Mocontigsaved.fasta （nucmer内置三种比对模式：-mum,-mumreference,maxmatch；详见其他简书说明：https://www.jianshu.com/p/c12f2a117892 和https://zhuanlan.zhihu.com/p/36347578；包括参数说的都很细致）

## delta-filter 整理

delta-filter -1 -q -r out.delta > out.filter

## show-coords

show-coords -THrd out.filter > out.filter.coords

（注如果用dotPlotly（https://github.com/tpoorten/dotPlotly/tree/master/example）可视化共线性关系，show-coords不能加太多参数，可以参照dotPlotly提供的命令：show-coords -c Brapa_Bnapus.nucmer.delta.filter > Brapa_Bnapus.nucmer.delta.filter.coords（例子）就好了）

2.SyRi安装

conda create -n syri python=3.5

conda activate syri

conda install cython numpy scipy pandas=0.23.4 biopython psutil matplotlib=3.0.0

conda install -c conda-forge python-igraph

conda install -c bioconda pysam

#use chroder

conda install -c bioconda longestrunsubsequence

git clone https://github.com/schneebergerlab/syri.git

cd syri

python3 setup.py install                   

chmod +x syri/bin/syri syri/bin/chroder syri/bin/plotsr

使用syri calling 结构变异

## syri

python3 syri_path --nosnp -c out.filtered.coords -d out.delta -r  ref.fa -q query.fa

## syri plot

python3 syri_plotsr_plot syri.out ref.fa query.fa -H 16 -W 12 -o pdf

## chroder (非必要步骤，query genome没有挂载到染色体时，可用chrorder生成一个)

syri/bin/chroder out.filter.coords Q1ref.fa Q8ref.fa -o out.filter.chroder

参数说明

## syri

--nosnp  Set to skip SNP/Indel (within alignment) identification (default: False)

## syri plot

-H 16  height of the plot

-W 12  width of the plot

-o pdf  output file format(pdf,png,svg)

参考：

https://sg.jianshu.io/p/3571d7019fb7

https://www.jianshu.com/p/e65b3e8d4a65

https://www.jianshu.com/p/c12f2a117892

https://zhuanlan.zhihu.com/p/36347578