基因家族分析（四）

基因家族流程：基因家族分析（一）

基因家族流程：基因家族分析（二）

基因家族流程：基因家族分析（三）

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多序列比对和进化树分析（Multiple sequences aligment and phylogenetic analysis）(有时间更新)

绘制基因的染色体位置图（Chromosomal Location）

1.准备文件

Ø 基因id
Ø 基因组的注释文件
Ø 基因组染色体的长度
Ø 在线绘制工具：MapGene2Chrom：http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/

2.获取染色体长度

1. samtools faidx At.genome.fa

awk '{print $1"\t"$2}' Cmaxima_v1.1.chr.fa.fai >chr_length.txt
#查看genome.fa.fai 文件，前两列为染色体位置和长度

2. sed -n 2p Cmoschata_v1.chr.fa |wc

3. qwk ‘NR == 2 {print $0 }’ Cmoschata_v1.chr.fa |wc

3.获取基因位置

4. perl ~/get_gene_gff.pl -in1 gene_id.txt -in2 genome.gff3 -out gene_chr.txt #针对南瓜脚本需要对列等稍微修改才能用

3.绘制工具：

Ø 在线绘制工具：MapGene2Chrom：http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/

Ø Mapchart&Mapdraw(没试过，文献中出现)

Ø MapInspect (超级烦琐坑爹，出图效果还不好，不更新了还)