R markdown 学习笔记
## Markdown语法
-标题
一个#是一级标题，二个#是二级标题，以此类推。支持六级标题。
# 这是一级标题
## 这是二级标题
### 这是三级标题
#### 这是四级标题
##### 这是五级标题
###### 这是六级标题
-字体格式
**这是加粗的文字**
*这是倾斜的文字*
***这是斜体加粗的文字***
~~这是加删除线的文字~~
-字体、字号和颜色
Markdown本身不支持修改字体、字号和颜色，要实现字体颜色、字号的设置，需要使用内嵌的HTML。实现如下所示：
<font face="宋体">宋体</font>
<font face="宋体"color=red>红色宋体</font>
<font face="宋体"color=red size=5>5号红色宋体</font>
引用
>这是引用的内容
分割线
---这是分割线
***这也是分割线
图片
说明：图片alt就是显示在图片下面的文字，相当于对图片内容的解释。图片title是图片的标题，当鼠标移到图片上时显示的内容。title可加可不加
超链接
[超链接名](超链接地址"超链接title")
title可加可不加
列表
-- 列表嵌套
语法：上一级和下一级之间敲三个空格即可
表格
代码
## 快捷方式(以下快捷方式适用于Windows 系统)
1. Windows 上插入一个新的代码卡盘：Ctrl + Alt + I
2. 以YAML标头中指定的格式输出文档：Ctrl + Alt + K
3.运行代码块的快捷方式(在执行此操作之前，通常最好重新启动R会话并从干净的环境开始)
3.1 重新启动R会话并从干净的环境开始: Ctrl + Shift + F10
3.2 运行当前块上方的所有块:Ctrl + Alt + P
3.3 运行当前块: Ctrl + Alt + C或Ctrl + Shift + Enter
3.4 运行下一个块;Ctrl + Alt + N
3.5 运行所有块;Ctrl + Alt + R或Ctrl + A + Enter
##输出文件的格式设置
1. 在R Markdown中添加换行符：要在R Markdown中打断一行并将其显示在输出中，请使用两个尾随空格，然后单击return
2. 在R Markdown中添加空白行：需要在该行输入<br>,空几行添加几个
3. 在R Markdown中查询SQL（https://blog.csdn.net/yuueva/article/details/109116871?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-baidujs_title-3&spm=1001.2101.3001.4242）
您可以通过创建{sql}代码块在R Markdown中查询SQL 。
首先，将生成一个内存中的SQL数据库以供本示例使用。您将生成一个著名的“ mtcars”数据集的SQL数据库。这是代码：图
在新的代码块中，编写一个SQL查询以使用四缸引擎从数据库中选择所有汽车。确保将此块的类型更改为{sql}。此命令返回一个数据框，您将另存为mt_cars_df： 图
指定output.var = "mt_cars_df"将查询结果保存到数据框。数据框如下所示：图
您可以在R代码块中使用此数据帧来执行分析或生成ggplot，例如：图
4. 使用块名称: 可以在R Markdown窗口窗格底部包含的代码块导航器中的块之间进行导航
---（r chunk_name. include=FALSE）
---
## Rmarkdown 文件格式设置函数
1. 设置文档输出格式的属性
---
title: "Habits"
output:
html_document:
toc: ture #是否展示目录
toc_float: true #目录的形式，是否浮动
number_sections: true #各个标题的数字标记是否展示
df_print: paged #表格的形式，paged创建可分页的表
theme: cerulean #文档主题，来源于Bootswatch(https://bootswatch.com/)
highlight: tango #指定语法高亮样式
#css: css/styles.css #加入额外的CSS，如果想从自己的css为文档提供所有样式，theme和highlight可设置为null
#fig_width: 7 #图片宽度
#fig_height: 6 #图片高度
#fig_caption: TRUE #图片设置，控制图形是否带有标题
#code_folding: hide #是否隐藏代码块
#self_contained: false #在外部文件中保留依赖关系
#keep_md: true #是否在knitr处理，pandoc渲染之后保存一份markdown文件的副本
#template: quarterly_report.html #可以使用模板选项替换基础pandoc模板
---
2. 对整篇报告进行设置
1. knitr::opts_chunk$set（）全局设定，“（）”内加入参数就可以对整篇报告进行设置
2.如果希望代码用R的大于号提示符开始， 用选项prompt=TRUE。 如果希望结果不用井号保护， 使用选项comment=''。
3.tidy=TRUE可以自动重新排列代码段， 使得代码段格式更符合规范.
4.collapse=TRUE:一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中， 如果一个代码块希望所有的代码、输出都写到同一个原样文本块中， 加选项collapse=TRUE。
5.child='文件名.Rmd'可以调入另一个.Rmd文件的内容。如果有多个.Rmd文件依赖于相同的代码，可以用这样的方法。
6.echo = TRUE同时显示代码块 + 结果。
echo = FALSE不显示代码块，但显示结果。禁止代码出现在最终报告中，但不会禁止结果。为不想看到 R 代码的人 们编写报告时，就可以使用这个选项。
7.eval=FALSE, #可以使得代码仅显示而不实际运行。 这样的代码段如果有名字， 可以在后续代码段中被引用。
8.include=FALSE，可以运行代码，但不会在最终文档中显示代码和结果。如果不想让 setup 代码出现在报告中，就可以使用这个选项。
9.message = FALSE或warning = FALSE可以防止消息或警告出现在最终报告中。
10.results = 'hide'可以隐藏文本输出;fig.show = 'hide'可以隐藏图形输出。
11.error = TRUE在代码出现错误时仍然可以生成最终报告。在报告的最终版中，我们很少需要包括出错信息，但在调试 .Rmd 文件时，出错信息是非常有用的。如果使用 R 进行 教学活动，并特意想要包括出错信息的话，这个选项是非常有用的。如果使用默认设置 error = FALSE，那么即使只有一个错误，文档生成也会失败。
12.当R Markdown文章比较长，包含的R代码比较多， 或者代码段运行需要比较长时间时，反复编译整篇文章会造成不必要的计算，因为有些代码段并没有修改，依赖的数据也没有改变。 knitr提供了缓存功能， 代码段选项cache=TRUE对代码段打开缓存，允许暂存上次运行的结果（包括文本结果和图形）而不需要重复运行代码段。当代码段被修改时，缓存被放弃，编译时重新运行代码段。
13.缓存这种功能需要慎重使用，免得错误地使用了旧的结果。当后面的代码段需要使用前面代码段结果时，如果前面结果改了，后面的代码段就不能使用缓存的结果而必须重新计算。 为此， 在后面的代码段中应该加上dependson=选项，比如dependson=c('codeA', 'codeB')，其中codeA和codeB是前面的代码段的标签， 其结果会用在本代码段中。也可以使用代码段选项autodep=TRUE，knitr试图自动确定前后代码段之间的依赖关系，每当前面的代码段改变时， 后面的用到其结果代码段也自动重新计算而不使用缓存的旧结果。建议仅对计算一次需要较长时间的代码段使用缓存功能，后面依赖于其结果的代码一定要加上dependson=选项。因为缓存策略会逐渐变得复杂，所以应该定期使用knitr::clean_cache()命令清除所有 缓存。
14.如果更喜欢用表格来显示数据，那么你可以使用knitr::kable函数
15.使用 out.width 控制输出图形的大小，并将其设置为行宽的百分比。默认设置为out.width = "70%"和fig.align = "center"。这种设置图形既不会占用过多空间，也不会显得太拥挤。如果想要让所有图形中的字体都保持一致大小，那么只要设置了 out.width，就同时还需要调整 fig.width，使其与默认 out.width 保持同样的比例。例如，如果默认fig.width为 6，out.width为 0.7，那么当设置out.width = "50%"时，你需要同时将fig.width设置为 4.3(6*0.5/0.7)。
16. 样例:整个报表设置
knitr::opts_chunk$set（out.width = "70%",fig.align = "center",collapse=TRUE,tidy=TRUE,cache=TRUE）
##将数据框输出为表格
1. 使用knitr包kable()函数，表格输出结果并不会随着屏幕大小而出现原始表格的情况。
2. kableExtra包美化表格，需配合kable()函数使用
kable_styling()
kable_styling()设定表格整体，它会自动应用bootstrap风格主题。
它的可选参数：
bootstrap_options设定主题。可选值有striped, bordered, hover, condensed,responsive。
full_width设定是否响应屏幕大小。TRUE和FALSE取值。full_width=F，不随着屏幕大小变化而变化。
Position设定屏幕足够大时表格位置。可选值为center, left和right。分别为居中，左偏，右偏。
Font size设定表格内文字大小。
fixed_thead = T时，调整表头以适应屏幕。
column_spec()选中列
row_spec()选中行
row_spec(0)选中变量名
这些函数内可以添加各种参数,包括：
bold = T，加深
color 设定表中数据颜色
background设定背景颜色
angle设定角度
##R Markdown 中实现图表的单级和多级交叉引用
https://blog.csdn.net/qq_43292869/article/details/89249121?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-searchFromBaidu-3.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-searchFromBaidu-3.control
