Genome biology | reference-based

文献信息：
标题：Analysis of 1321 Eubacterium rectale genomes from metagenomes uncovers complex phylogeographic population structure and subspecies functional adaptations
中文：来自宏基因组的1321直肠真杆菌基因组的分析揭示了复杂的系统地理结构和亚种功能适应
杂志：Genome biology
时间：2020.6

摘要：
背景：真细菌是人类最普遍的肠道细菌之一，但由于尚未对该微生物进行大规模的全基因组研究，因此其多样性和种群遗传学尚未得到很好的了解。

结果：在这里，我们利用宏基因组学，再结合基于参考的分箱策略，筛选了跨越地理和生活方式的6500多个肠道元基因组，并从元基因组中重建了1300个直肠超高质量基因组。我们扩展了生物地理分层的先前结果，确定了主要在非洲个体中发现的新亚种，并显示了密切相关的非人类灵长类动物没有庇护埃德埃克雷塔尔。亚种之间成对的遗传距离和地理距离的比较表明，通过距离隔离和与人类种群的共同散布可能有助于塑造现代埃里克塔尔的种群结构。我们确认，相对于欧洲而言最近相对较新的大肠杆菌亚种始终缺乏运动操纵子，并且它在体外不运动，这可能是由于祖先的遗传损失所致。相同的亚种显示出其碳水化合物代谢基因谱的扩展，包括获得了一个基因组岛，该岛强烈富集了与胞外多糖合成有关的糖基转移酶基因。

结论：我们的研究提供了对新肠埃希氏菌的种群结构和生态学的新见解，并表明shot-gun基因组可以使微生物群成员的种群基因组学研究达到以前只有通过广泛的分离测序才能达到的分辨率和规模

6775粪便宏基因组重建3121高质量E.rectale基因组

E.rectale有四个地区分层的亚种

不同亚种分布在不同地区

ErEurope缺少运动操纵子不活动

ErEurope有更高的碳水存储改变

新发现的基因岛富集在ErEurope的GT基因