windows系统下载NCBI的SRA序列文件

2020-07-16  本文已影响0人  Oodelay

按照之前的套路从NCBI上下载SRA序列文件,发现走不通了
可能是官方推动使用SRA Toolkit,而关掉了ftp下载路径

ATTENTION

之前已经被师兄警告,不能使用单位服务器的批量下载功能从网上下载大体量文件
所以linux环境下的命令行操作也不行了

无奈,尝试在window环境下使用SRA Toolkit

1、从文献中获取数据集索引号accession,如 SRP140546SRP201641

2、登录官网,获取样本accession列表和分组文件

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=???

此处用数据集accession替换???,下载SRR_Acc_List.txtmetadata

3、下载window版本的Toolkit,解压到某一路径

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit

4、win + R,进入DOS界面,进入某一路径

5、执行下载命令

your_path\prefecth.exe --type fastq  --option-file your_path\Sra_Acc_List.txt

将fastq格式的序列文件下载到当前路径

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