利用ascp由ftp.ncbi下载测序数据
2019-08-09 本文已影响6人
dming1024
找数据
首先在NCBI FTP网站上找到自己需要的数据
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620209/
sra ==> sra-instant ==> reads ==> ByRun ==> sra ==> SRR ==> SRR620 ==> SRR620209 ==>SRR620209.sra
获取下载地址
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620209/SRR620209.sra
ascp 私钥地址
一般存在主目录下的.ascp 隐藏文件夹下，完整路径为 ~/.ascp/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
开始下载
ascp -T -i ~/.ascp/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620209/SRR620209.sra ./
其中
-T 非加密下载
-i 密钥位置
-k 下载方式（可断点续传）
-l 下载限速200M
