最近系统的从头到尾学习了一下樊龙江老师出版的生物信息学这本书，学习生物信息有1年多了，从事医学数据分析6年多了，唯一的感觉就是基础很重要真的很重要，参加了很多的培训班，自己也看过很多的视频，也办过几期的线下培训，还是感觉要夯实基础，于是又从头的过了一遍基础知识。樊龙江老师这本书里面的内容对于想要入门的小伙伴还是挺好的，在接下来有空的日子里，青盐会一点一点的分享学习笔记，今天要分享的是生物数据的来源和产生的途径。

生物信息数据来源及产生途径.jpg

1.核苷酸序列数据

核苷酸序列数据：指DNA或者RNA中四种碱基的排列顺序

常见的核苷酸序列数据。

脱氧核糖核酸(DNA):腺嘌呤(A)，鸟嘌呤(G)，胸腺嘧啶(T)，胞嘧啶(C)；
核糖核酸(RNA):腺嘌呤(A)，鸟嘌呤(G)，尿嘧啶(U)，胞嘧啶(C)。

2.蛋白质序列和结构数据

(1)蛋白质序列数据：是指20种氨基酸的排列顺序(即蛋白质的一级结构)。
20种氨基酸的名称及缩写：丙氨酸(A)，精氨酸(R),天冬氨酸(D),半胱氨酸(C)，谷氨酰胺(Q)，谷氨酸(E),组氨酸(H),异亮氨酸(I)，甘氨酸(G)，天冬酰胺(N)，亮氨酸(L)，赖氨酸(K)，甲硫氨酸(M)，苯丙氨酸(F)，脯氨酸(P)，丝氨酸(S),苏氨酸(T)，色氨酸(W)，酪氨酸(Y)，缬氨酸(V)。
(2)蛋白质结构数据：主要是蛋白质的三级结构信息。蛋白质的三级结构是蛋白质的多肽链在各种二级结构的基础上，再进一步盘曲或者折叠形成的具有一定规律的三维空间结构。蛋白质三级结构数据：主要来源实验（X射线晶体衍射、核磁共振等）。

3.生物芯片数据

生物芯片(biochip或bioarray)技术起源于核酸分子杂交，该技术根据生物分子间特异相互作用的原理，将生化分析过程集成于芯片表面，实现生物信息的存储和集成，从而实现对于DNA，RNA,多肽，蛋白质以及其他生物成分的高通量快速检测。
(1)基因芯片(gene chip):又称DNA芯片(DNA chip)或DNA 微阵列(DNA microarray) ，是将cDNA或寡核苷酸固定在微型载体上形成微阵列。
(2)蛋白质芯片(protein chip或protein microarry)：蛋白质芯片是将蛋白质或抗原等一些非核酸生物物质固定在微型载体上形成微阵列。
(3)细胞芯片(cell chip)：是将细胞按照特定的方式固定在载体上，用来检测细胞间相互影响或相互作用。
(4)组织芯片(tissue chip)：是将组织切片等按照特定的方式固定在载体上，主要用来对免疫组织等组织内成分差异进行研究。

4.分子标记数据

分子标记是遗传标记的一种，遗传标记是指在染色体上位置已知的一个基因或者一段DNA序列，可被用于鉴定生物个体或者物种，包括形态标记、细胞学标记、生活标记和分子标记四种类型。

5.生物表型数据

生物表型(phenotype)数据：指与生物体的个体形态，外观，生理，功能等相关的一些指标数据，如：身高，肤色，血型，酶活力，药物耐受力乃至性格等，一般情况下通过常规的测量和检测就能够得到相应的数据集。