pacbio 的bam文件转成fasta文件

2021-01-13 本文已影响0人 candel

使用软件SMRTlink 9转换。

PacBio官网下载SMRTlink 9，

注意：版本若有更新，则下载最新版本的。大概1.4G，网速非常慢，用迅雷下载会快很多。

得到smrtlink_9.0.0.92188.zip压缩包，解压后得到得到文件“smrtlink_9.0.0.92188.run”，运行该软件，得到smrtlink文件夹。


unzip smrtlink_9.0.0.92188.zip

./smrtlink_9.0.0.92188.run

软件安装成功，执行文件位于smrtlink/smrtcmds/bin 下面。

bam文件md5值检测


md5sum -c m64.subreads.1--1.bam.md5

检测合格后使用SMRTlink 9的bam2fasta软件转换。


~/usr/smrtlink/smrtcmds/bin/bam2fasta -o pb m64.subreads.1--1.bam

如果没有建立索引，还需要先建立索引。


~/usr/smrtlink/smrtcmds/bin/pbindex m64.subreads.1--1.bam