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构建知识图谱

第一步是加载我们的数据。在此示例中，我们将从头开始创建一个简单的 KG。让我们首先使用我们感兴趣的数据创建一个数据框。

import pandas as pd

# Define the heads, relations, and tails
head = ['drugA', 'drugB', 'drugC', 'drugD', 'drugA', 'drugC', 'drugD', 'drugE', 'gene1', 'gene2','gene3', 'gene4', 'gene50', 'gene2', 'gene3', 'gene4']
relation = ['treats', 'treats', 'treats', 'treats', 'inhibits', 'inhibits', 'inhibits', 'inhibits', 'associated', 'associated', 'associated', 'associated', 'associated', 'interacts', 'interacts', 'interacts']
tail = ['fever', 'hepatitis', 'bleeding', 'pain', 'gene1', 'gene2', 'gene4', 'gene20', 'obesity', 'heart_attack', 'hepatitis', 'bleeding', 'cancer', 'gene1', 'gene20', 'gene50']

# Create a dataframe
df = pd.DataFrame({'head': head, 'relation': relation, 'tail': tail})
df

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接下来，我们创建一个 NetworkX 图 ( G) 来表示 KG。DataFrame ( df) 中的每一行对应于 KG 中的一个三元组（头、关系、尾）。该add_edge函数在头实体和尾实体之间添加边，并以关系作为标签。