SCENIC分子实验

核糖体基因研究再现高分文章!

2022-06-07  本文已影响0人  生信宝库

说在前面

生信宝库在之前的一篇推文:如何巧妙利用单细胞核糖体基因发NAR,就提出了平时不受我们待见的核糖体基因也有大用途!本次,Immugent本次就再解读一篇最近刚发表在Science advances杂志上的一篇文章:ETS1 acts as a regulator of human healthy aging via decreasing ribosomal activity,感受一下核糖体基因不一样的研究思路。


主要研究内容

作者首先就是对长寿老人和其子女的外周血进行了bulK转录组测序,通过对两组表达的基因进行分析后发现,长寿老人下调的基因显著富集在核糖体基因相关通路。其实很多研究者看到这个结果就觉得没啥意思,因为在日常的富集分析我们也经常富集到核糖体基因相关通路,但是我们大多情况下会觉得它并不是什么重要的功能通路而被忽略。但是这项研究的作者就本着一颗积极探索的心,找到为啥这些核糖体基因在长寿老人中显著下调。

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接着对这些差异基因进行motif分析,找到调控它们的转录因子,其中找到了十几个备选的基因,其中ETS1在自身的表达水平也是下调的,于是就成为了接下来重点研究对象。

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下面一幅图就是使用另一个队列的数据进行平行验证,得到了同样的结果。

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最后一幅图就是在细胞水平验证了ETS1对细胞衰老的研究和基本的细胞功能实验,发现ETS1基因敲除可减缓细胞衰老,降低细胞衰老相关的核糖体基因的转录。

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全文结束!是不是觉得这波操作我们自己也会做,但是Immugent觉得主编之所以对这项研究感兴趣,主要原因就是它做了很多人不想去做的或者一直避开的研究角度--核糖体基因!


小结

在实际的科研工作过程中,我们经常会遇到预料之外的结果,很多时候我们都会觉得是数据哪里出了问题,而很少想到事实可能就是如此。往往这时,本着一颗实事求是的科研态度是十分难得的,既然数据如此,肯定有它背后的原因,而积极面对这些“阴性结果”可能会有另一番收获。本文作者就是本着一颗求真知的初心,对我们都会抛弃的研究对象进行系统的分析,从而得到了令人眼前一亮的科研成果。

好啦,本次分享到这就结束啦,我们下期再会!


[参考文献]

Xiao FH, Yu Q, Deng ZL, Yang K, Ye Y, Ge MX, Yan D, Wang HT, Chen XQ, Yang LQ, Yang BY, Lin R, Zhang W, Yang XL, Dong L, He Y, Zhou J, Cai WW, Li J, Kong QP. ETS1 acts as a regulator of human healthy aging via decreasing ribosomal activity. Sci Adv. 2022 Apr 29;8(17):eabf2017. doi: 10.1126/sciadv.abf2017. Epub 2022 Apr 27. PMID: 35476452; PMCID: PMC9045719.

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