数据-R语言-图表-决策-Linux-Python生信星球培训第二十二期

学习小组Day4 笔记--ggplot2 in R (凉皮儿)

2019-08-29  本文已影响0人  程凉皮儿

由于之前零零散散的在技能树和B站看了些R语言相关的视频和分享,了解到R是一个非常适合分析数据并让数据可视化的一个强大的工具,做为一只科研狗于是毫不犹豫一头扎进来了。
发现R的作图有两种形式,一种是基础的内容各种图都有一个基础函数支持这里推荐Basic plot in R for biotrainee
另一种就是高大上的R包ggplot了,其实这个在技能树也是有教程ggplot-in-R
的,但是大神不喜欢注释,还是需要bioplanet学习小组的协助啦,好了,废话不多说,开始练习。
首先看到教程这么写“据框是变量(列)和观测(行)的矩形集合。mpg是ggplot2的内置数据框。”,然后我就打开一个R.proj,输入mgp先查看数据情况
运行后得到如下结果

image.png
image.png
这就很尴尬了,再去查查看看版本不对怎么解决吧。
这时候再返回教程一看,原来是ggplot2,哈哈就一个数字不对就出错,果然还是计算机很少出错,出错的基本都是操作人。好了,重新输入正确的,当然应该也可以用tab键补齐。
mpg
install.packages("ggplot")
install.packages("ggplot2")

输出结果为

> mpg
错误: 找不到对象'mpg'
> install.packages("ggplot")
Warning in install.packages :
  package ‘ggplot’ is not available (for R version 3.6.1)
> install.packages("ggplot2")
试开URL’https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.6/ggplot2_3.2.1.tgz'
Content type 'application/octet-stream' length 3973186 bytes (3.8 MB)
==================================================
downloaded 3.8 MB

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tm/q03dw2_n18v2v6nlsw81yhc80000gn/T//Rtmp2uhJtG/downloaded_packages
> 

之后就开始练习了

1.查看mpg数据框进行基础练习

install.packages("ggplot")
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2) #载入包
mpg #查看数据类型
?mpg #查看帮助文档(Fuel economy data from 1999 and 2008 for 38 popular models of car)
#查看每列的非重复值及每个值的重复次数(这时候引入一个新的包dplyr)
p <- mpg #创建环境变量p,将mpg这个数据框记录下来
library(dplyr) #载入这个新的包(功能也可以用帮助文档来查看一下)
?dplyr # dplyr: a grammar of data manipulation(对数据进行操作的方法集)
distinct(p,manufacturer) #manufacturer替换为其他列名。仅显示非重复值,不显示重复次数。
count(p,manufacturer) #数数

2. 练习入门级绘图模板

ggplot(data =) + (mapping = aes())

3.图形映射属性

(1) 第一幅图

ggplot(data = p) +
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)) #第一幅图,也不知道怎么出来的(对照数据框看了一下就是选了两列数据分别列为X,Y)
?aes # Aesthetic mappings describe how variables in the data are mapped to visual properties (aesthetics) of geoms.
image.png

(2) 然后就开始美化了

ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy, color = class)) #估计是变颜色
image.png

接着弄

ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy, size = class)) #估计是变大小

图是出来了,点点变的大大小小的,但是出来一个警告

> ggplot(data = mpg) + 
+   geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy, size = class)) #估计是变颜色
Warning message:
Using size for a discrete variable is not advised. 
> 

再看图似乎有点丑

image.png
然后就去百度一下
discrete variable--离散型变量(因子、字符、逻辑值)
变量按其数值表现是否连续,分为连续变量和离散变量。离散变量指变量值可以按一定顺序一一列举,通常以整数位取值的变量。如职工人数、工厂数、机器台数等。
--来自百度百科

(3) 当然还可以改变透明度和形状

然后再次出现警告

> ggplot(data = mpg) + 
+   geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy, alpha = class)) # 将车型class映射给透明度
Warning message:
Using alpha for a discrete variable is not advised. 
> ggplot(data = mpg) + 
+   geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy, shape = class)) # 将车型class映射给形状
Warning messages:
1: The shape palette can deal with a maximum of 6 discrete values because
more than 6 becomes difficult to discriminate; you have 7. Consider
specifying shapes manually if you must have them. 
2: Removed 62 rows containing missing values (geom_point). 
> 

然后就去返回查看一下

> count(mpg,class)
# A tibble: 7 x 2
  class          n
  <chr>      <int>
1 2seater        5
2 compact       47
3 midsize       41
4 minivan       11
5 pickup        33
6 subcompact    35
7 suv           62
> 

原来是因为数据框里没有给这62个suv分配形状,所以无法比较,就先不上图了,以后遇到了要注意查看信息。

(4) 手动设置图形属性

ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy), color = "blue") #手动设置为blue
image.png

然后也能手动设置需要设为有意义的值。
颜色:字符串,blue,red等
大小:单位mm
形状:数字编号表示
· 空心形状 0-14 color边框
· 实心形状 15-20 color填充

· 填充形状 21-24 color边框,和fill填充 image.png

(5)stroke-轮廓 适用于散点图,21-24号形状

ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy, stroke = 2),shape=23)
image.png

5. 分面

(1)依据单个变量分面 facet_wrap()(注意~分面依据必须是离散型变量。)

ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)) + 
  facet_wrap(~ class, nrow = 2) #分两行展示
image.png

(2)依据两个变量分面 facet_grid()

ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)) + 
  facet_grid(drv ~ cyl)  #不需要指定nrow和ncol。
image.png

(3)不想在行或列维度中分面,用.代替变量名

ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)) + 
  facet_grid(. ~ cyl)
image.png

6.几何对象(也就是图的不同类型,如点图、折线图、直方图等。)

哇还有好多图,先收藏起来吧
小洁老师的详细讲解,R数据科学--详解ggplot2
以后想画什么图就照着画好了,哈哈,有木有很机智!

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