来求个助,请各位点开看看画PCA图的数据导入问题

2017-10-19  本文已影响267人  大宝贝喜欢徐先生

我用ropls包画PCA, PLS DA, OPLS DA图,但是数据导入出了些问题。

> data

sample calss X.2.methoxyethoxy.propanoic.acid X.gamma.Glu.Leu.Ile

1  asss1    1                              6.8                5.9

2  asss2    1                              3.5                3.6

3 assss3    1                              3.6                3.8

4  asss4    1                              2.8                3.9

5 assdd4    2                              4.7                4.1

6  sdv6    2                              4.6                4.2

7  ghj7    2                              4.5                4.3

8  fdg9    2                              4.4                5.1

我的数据导入后是这样的,但是运行画图命令后出来了个error:

> pca <- opls(data)

Error: 'x' data frame must contain columns of 'numeric' vectors only

然后我就把first and second column删掉(因为第二列数据没用),没想到出现一个

warning:

> data.exp <- data[,c(-1, -2)]

> pca <- opls(data.exp)

Warning message:

Single component model: only 'overview' and 'permutation' (in case of

single response (O)PLS(-DA)) plots available

也顺带出来了一些数据和一个图,结果这个图是空白,只有横纵坐标

> pca

PCA

8 samples x 3 variables

standard scaling of predictors

R2X(cum) pre ort

Total    0.704  1  0

我问作者是不是数据有什么格式要求,就按照上面的格式给作者邮件,作者回复:

The model tells you that one component is sufficient (ie the second one is

not bringing useful information).

If, however, you want to compute additional components (ie 2 components to

display the score plot), you can set the predI argument (eg to 2 or more

instead of the NA default value).

他说一个成分足够了,但是我没有得到图怎么办呢?加主成分这个建议在SIMCA软件里面也

有,不过我用别的包(muma包)不需要加主成分做出的PCA图有3个主成分,只是只能出图,

没有上面那些R2X数据。

我该怎么修改我的数据格式好呢?如有描述不足或者不当请多多指教

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