2020-11-23R语言入门笔记（3）R包

g <- function(x,y=0.5){
  seq(x,3*x,y)
}
g(2)
## [1] 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0
g(3)
##  [1] 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0
g(1,1)   #表示从1开始到3结束，每隔一个数取一个数
## [1] 1 2 3
g(x=3,y=6)
## [1] 3 9



#复习：绘图函数plot()
par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成两行两列
x = c(2,5,6,2,9);plot(x)
x = seq(2,80,4);plot(x)
x = rnorm(10);plot(x)
x = iris$Sepal.Length;plot(x)
plot(iris[,1])

plot(iris[,1])
plot(iris[,1],col=iris[,3])


#2.R包(R package)介绍
#程序包是什么？
#R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。

#为什么要安装程序包？
#特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。 例如：作图包ggplot2，差异分析包limma等等。

#伪问题：学一个R包要多久？
#3.R包来源
#(1)CRAN网站

#http://cran.r-project.org/web/views/
#使用 <- install.packages()这个命令来安装
  
#(2)Bioconductor

#http://bioconductor.org/
#使用 <- BiocManager::install()这个命令来安装

#(3)github

#http://github.com
##使用 <- devtools::install_github()这个命令来安装
##括号里面写作者用户名加包名
#devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee")
#devtools::install_github("AnnoProbe-master.zip",upgrade=F)
#4.R包安装前需设置镜像
#镜像
#镜像网站相当于主网站的副本，在访问主网站存在障碍时，访问镜像 网站也可。


#【【【【安装后需要加载【一次安装，每一次打开新的session都需要加载】【【【
#library(stringr)
#【library】是检查安装是否成功的标准



####R和Bioconductor主网站位于国外，选择国内的镜像可加快访问速度。

###国内镜像推荐
##清华镜像(tuna，Beijing)

####中科大镜像(ustc，Hefei)

#镜像设置方法
#方法1：tools–global option-packages-选择中科大或清华

#方法2：代码设置

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")


#5.用于R包安装与加载的函数
#R包来源决定安装使用的代码
#CRAN：install.packages()
#Biocductor: BiocManager::install()
#Github:devools::install_github()


###from CRAN
#例：tidyr

install.packages("tidyr")
###form Biocductor
install.packages('BiocManager')
BiocManager::install("ggplot2")


###from github
install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee") #括号里写作者用户名加包名
devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade = F) #网络问题经常导致github访问不了，可选择本地安装
##谷歌、必应搜索包名，即可找到。

#前两个命令逐个试一下，一个命令不成功就用另一个。

#安装后需要加载才能用
#一次安装，每次打开新的session都要加载。

#加载：二选一，不加引号,library()或require()

library() require()

library(tidyr)
require(tidyr)



#6.R包安装和使用的逻辑
#(1)安装包-加载包-使用包里的函数
#如报错：找不到函数，则加载函数所在的包，重试。

如报错：不存在叫xx名字的包，则安装xx包，重试。

library()是检查是否安装成功的标准

#(2)已安装、不加载，直接使用
#BiocManager::install() dplyr::filter()

#包名 ：：函数名，表示显式的指定用某个包里的某个函数，通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中的函数名有冲突的情况。



#7.获取帮助
#(1)快速查看函数帮助文档
#?max或者help("max")，主要看描述/参数/实例。

#?seq
#help("seq")
#example("seq")
#(2)找R包介绍页面(CRAN或Bioconductor)
#可以找到该R包最详细的介绍，包括安装使用的代码及详细的pdf文档。

#(3)少数R包有cheatsheets
#https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/










  
#  8.常见疑问
#(1)大片提示信息
#检查是否有error，没有就忽略

#(2)packages not available
#原因1：包名写错

#原因2：安装命令使用错误

#原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符(极少)

#(3)是否更新？
#懒惰策略，能不更新就不更新，除非一直报错。

#不想回答：安装命令加参数：update = F, ask = F

#问是否更新的、“不存在”的是依赖包

#(4)加载A包，报错B包不存在
#它问是否更新的是依赖包 R包之间存在复杂的依赖关系 使用A包，就必须同时用B、C， 而C又依赖了D包 理论上: 安装A，就会自动安装BCD 加载A，就会自动加载BCD 实际上： 常会因为一两个依赖包的安装失败，导致你想安装的那个包安装失败。

#(5)报错中有connection或url
#切换镜像，检查网络连接。如果都没有问题，运行

#options(download.file.method = 'libcurl')
#options(url.method='libcurl')


help("max")
help("tidyr")