2021-05-26 m6A interactor系统鉴定
m6A修饰作为mRNA中一类分布最为广泛的可逆修饰，其相关代谢与功能机制研究已经取得了很大的进展。包括m6A writer（写码器）——METTL3/14/WTAP，METTL16；eraser（消码器）——FTO，ALKBH5；reader（读码器）——YTHDF1/2/3，YTHDC1，IGF2BPs等。这些m6A interactor的鉴定对于解析m6A的生物代谢过程与功能发挥反式具有重要意义。虽然已经鉴定了如此多的m6A interactor，但是否还存在其他的相关互作蛋白，也是一个值得深入探讨的问题。今天分析的这项研究，就是从系统鉴定m6A interactor的角度，利用体外RNA pulldown结合质谱的方法，系统鉴定到一批m6A interactor，并且首次发现m6A排斥的蛋白。并且进一步分析发现，m6A interactor除了与RNA的修饰状态相关外，同样也存在RNA序列的依赖性，不同的m6A interactor虽然都与m6A修饰相关，但m6A修饰所在的上下游序列特征同样也影响着与interactor的互作。
m6A interactor
三言两语
- 使用串联的m6A修饰探针或者无修饰的对照探针，通过与不同细胞组分体外孵育，分离能与m6A探针或者对照探针结合的蛋白质，结合蛋白质质谱技术，系统到21个m6A interactor，其中报告已经报道的YTHDFs，IGF2BPs等。
2.鉴定到一个m6A排斥的interactor——G3BP1，即不与带m6A修饰的探针结合，而与不带m6A修饰的探针有很强的亲和力。此外也发现m6A对G3BP1的排斥存在序列依赖性。进一步针对G3BP1-m6A的功能分析发现，G3BP1可以结合mRNA，促进其稳定性。
3.鉴定到一个m6A亲和的interactor——FMR1，它与带m6A修饰的RNA探针有很强的亲和力，进一步的功能机制分析表明，FMR1-m6A互作参与mRNA翻译调控。
PS.RNA上的修饰有近150种，理论上通过类似方法可以进行各种类型RNA修饰interactor的系统鉴定。
Reference
- Edupuganti, R. R. et al. N(6)-methyladenosine (m(6)A) recruits and repels proteins to regulate mRNA homeostasis. Nat Struct Mol Biol 24, 870-878 (2017).
