生信问

你从来就没有用好过Blast,不仅仅max_target_seq

2018-12-14  本文已影响224人  生信石头

开篇划重点:
不仅仅是--max_target_seq 1 有问题,-evalue 1e-5也有问题

写在前面

蹭热点,是一个获得流量,显得自己优秀的一个方式,
或许,写下这个博文,我也是在做这么一个事情,
然后呢?

Blast可能的误用参数-max_target_seq -- 跟随者

在很久以前,有爆出来max_target_seq存在误导,于是很多公众号各种转发,

-max_target_seq 1 

影响结果,要注意啊。然后呢?
也就是转发转发,大家也是看看看看
其实并没有人最后真的会在意这个问题
因为很多人追求的是一个结果,并不需要正确,只需要有人接受

不仅仅是-max_target_seq

于是这几天又爆另一个参数,比如你们更多使用的evalue


喜闻乐见!

极少人真正去了解一个工具,然后才使用这个工具。
尤其是多数自认为是在做生物信息数据分析的人。

Blast manual其实写的很清楚
参数是分为:

  1. 性能参数:控制比对过程
  2. 报告参数:过滤比对结果

很多人根本就没有搞清楚,两者的区别,一直把性能参数当做报告参数来用,
正如上述两个。

与此类似,在久前我在知识星球分享过


然而,其实....或许,大多数人需要的,真的只是一个被接受的结果。

你需要的是,看看别人的教程视频,copy或者买一份代码,然后paste,搞定了。
或者是能给导师一个结果,
或者是能发表学术论文了
皆大欢喜!

写在后面

显而易见,公众号太久没更新了,似乎有点不太好。
正好刷到一个可能是热点的东西。赶紧更一下。

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