利用Hmm建模找基因家族

首先，利用已有的基因号，植物的话上https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html，找到基因的蛋白质序列

随后，将序列复制，并且进入http://smart.embl-heidelberg.de/

将氨基酸序列粘贴进去，可看见

点击红色指示区域，

再进入http://pfam.xfam.org/，接下来按照操作一步步走

下载完毕，将所要找的基因组库与这个hmm模型均放在hmm的文件夹下面，如图

打开下载好的HMM文件，一定要将红色箭头标注处改为b，否则windows运行不了

再打开命令提示符

然后就完成啦啦啦啦

看图

完美啦，溜了溜了，睡觉去了