十节课，BRIG软件带你玩转比较基因组圈图

   Hello，小伙伴们，大家好！

       还在为CG View Server，GeneWiz browser等网址限制比较基因组数目而苦恼吗？还在为Circos、BLASTAtlas等软件命令脚本看不懂而烦恼吗？我该怎么办？我该怎么画出比较基因组圈图呢？  为了解决大家的困扰，密码子学院专门制作了BRIG软件绘制比较基因组圈图的课程，只需在Windows界面下就可以直接使用，简单、快捷、易懂、易操作。

       接下来跟着小编来了解一下BRIG软件吧！近年来，随着下一代测序技术的普及，越来越来的科研人员通过比较基因组来研究自己基因组的特征，如基因组的信息：GC含量，GC skew，Contig片段、毒力组岛、可移动遗传元件（质粒、噬菌体、转座子、整合子、插入序列共同区等）以及毒力因子、重金属与耐药基因等在同源物种间的分布情况。因为BRIG软件操作简单，越来越多的科研人员使用BRIG绘图，从NCBI PMC数据库中来说，大约有1043篇文章使用BRIG软件进行圈图的绘制，仅2020年发表的SCI论文就有177篇左右，可见BRIG软件的使用频率是非常高的。

 今天密码子学院比较基因组圈图的课程上线了，给大家带福利了，免费领取课程了，手快有，手慢无了！！！本课程上线于千聊视频平台，只要分享本文到朋友圈，然后截图发给客服小唯（关注密码子实验室，联系小唯），将会获得优惠码免费观看本课程。（免费活动2020/9/21-2020/9/25）

BRIG软件介绍

BRIG软件将快速带你走进比较基因组圈图的绘制，让你更加了解基因组详细的信息。BRIG(BLAST Ring Image Generator) 是由Java编写的，使用BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）进行基因组的比对分析且由CG View进行图像生成的一款软件。生物基因组比较结果可视化能够很好的展示同源关系较为密切的物种基因组之间的差异。目前市场上的很多软件对于基因组的数目都有限制，或者必须基于命令行，操作不便。BRIG是一款操作简单且功能强大的分析及可视化的软件，不需要复杂的命令行，属于图形化操作界面，易懂且上手简单，能够在一张图中展示近百个基因组扫描图或者完成图比较结果。

  以下是近年来通过BRIG软件发表的有关比较基因组文章中的圈图，让大家可以更加直观地了解一下BRIG软件的魅力。

   接下来小编给大家简单的介绍一下使用BRIG软件发表的文章，从NCBI数据库随机找了前10篇文献。如下表所示，从下面文章的影响因子（IF）与关键词，我们可以看出BRIG软件的应用范围比较广，主要应用于微生物基因组与质粒基因组的比较，研究同源关系，致病性，独有的可移动遗传元件等

表1 BRIG软件文章统计

文章期刊影响因子（**IF）**

Phylogenetic Grouping of Human Ocular Escherichia  coli Based on Whole-Genome Sequence AnalysisMicroorganisms4.152

Horizontal Plasmid Transfer among Klebsiella  pneumoniae Isolates Is the Key Factor for Dissemination of  Extended-Spectrum β-Lactamases among Children in TanzaniamSphere.4.282

Comparative genomic analysis of a Shiga  toxin-producing Escherichia coli (STEC) O145:H25 associated  with a severe pediatric case of hemolytic uremic syndrome in Davidson County,  Tennessee, USBMC    Genomics.3.594

Isolation of Mycoplasma anserisalpingitidis from  swan goose (Anser cygnoides) in ChinaBMC  Vet Res1.835

Biphasic Outbreak of Invasive Group A Streptococcus Disease  in Eldercare Facility, New ZealandEmerg  Infect Dis.6.259

Genome-Guided Mass Spectrometry Expedited the  Discovery of Paraplantaricin TC318, a Lantibiotic Produced by Lactobacillus  paraplantarum Strain Isolated From CheeseFront  Microbiol4.235

Genomic Epidemiology of Carbapenem- and Colistin-Resistant Klebsiella  pneumoniae Isolates From Serbia: Predominance of ST101 Strains  Carrying a Novel OXA-48 PlasmidFront  Microbiol4.235

Is Shiga Toxin-Producing Escherichia coli O45  No Longer a Food Safety Threat? The Danger is Still Out ThereMicroorganisms4.152

Investigating Bacteriophages Targeting the  Opportunistic Pathogen Acinetobacter baumanniiAntibiotics (Basel).3.893

Genome-Wide Analyses Revealed Remarkable  Heterogeneity in Pathogenicity Determinants, Antimicrobial Compounds, and  CRISPR-Cas Systems of Complex Phytopathogenic Genus PectobacteriumPathogens.3.018