R语言输出ppt可编辑的图片
2021-08-02 本文已影响0人
Seurat_Satija
在ggplot2程序包的加持下,R语言可以做出非常漂亮的统计图出来。然而大家是否会有这样的体会,为了做出理想的图片,需要不停的调整作图的参数,包括颜色,字体大小,字体格式,注释的位置,非常麻烦。尤其是与别人进行科研合作,图片的绘制需要不停地进行沟通,甚至需要动用PS,GIMP等工具。
大家有没有想过可以像下面的动图展示的那样,可以对图片的任意元素进行修改呢???
本文给大家介绍一种解决方案,可以将R语言绘制的图片以元数据(点,线,面,颜色,形状等等)的方式保存到PPT文件中,在PPT中进行修改。
image软件包
- officer程序包:一个从R端访问和编辑word和PPT文件的程序包。
- rvg程序包:一个为PPT和Excel生成矢量图的程序包。
两款程序包,均可以从CRAN进行安装,安装命名如下:
install.packages(c('officier', 'rvg'))
实现方法
- R图格式转换
通过rvg中的dml
函数进行转换,可以将R生成两类图,Graphics和ggplot图,转换成PPT可以直接导入的格式。
- Graphics图: 首先找一段生成决策曲线的代码
data(dcaData)
set.seed(123)
baseline.model <- decision_curve(Cancer~Age + Female + Smokes,
data = dcaData,
thresholds = seq(0, .4, by = .005),
bootstraps = 10)
full.model <- decision_curve(Cancer~Age + Female + Smokes + Marker1 + Marker2,
data = dcaData,
thresholds = seq(0, .4, by = .005),
bootstraps = 10)
plot_decision_curve( list(baseline.model, full.model),
curve.names = c("Baseline model", "Full model"),
col = c("blue", "red"),
lty = c(1,2),
lwd = c(3,2, 2, 1),
legend.position = "bottomright")
最后的代码段是作图的命令,我们只需要将最后一段进行如下操作,即将其赋值给dml
函数的code
参数。
p.dca <- dml(code = {
plot_decision_curve( list(baseline.model, full.model),
curve.names = c("Baseline model", "Full model"),
col = c("blue", "red"),
lty = c(1,2),
lwd = c(3,2, 2, 1),
legend.position = "bottomright")
})
- ggplot图:同样找一段生成频数分布对比柱状图的代码:
ggbarstats(
data = mtcars,
x = vs,
y = cyl
)
对该作图代码做如下修改,将它赋值给dml
函数中的ggobj
参数:
p.bar <- dml(ggobj = {
ggbarstats(
data = mtcars,
x = vs,
y = cyl
)
})
- 导入PPT
使用officier包将前面生成p.dca
和p.bar
输出到PPT中。会用到以下函数: - 打开PPT--
read_pptx
- 添加页面--
add_slide
- 导入图片--
ph_with
- 保存PPT--
print
具体操作如下:
pptx <- read_pptx()
pptx <- add_slide(pptx)
ph_with(pptx, value = p.dca,
location = ph_location_type(type = 'body'))
pptx <- add_slide(pptx)
ph_with(pptx, value = p.bar,
location = ph_location_fullsize())
print(pptx, 'output.pptx')
作者:小蜜蜂Stats
链接:https://www.jianshu.com/p/8f2d4a92214c