【文献速递】-Nature protocols -在哺乳动物组织

基因表达的空间分辨率使基因表达事件被精确定位到生物组织中的一个特定位置。在组织切片中空间分辨基因表达的传统分析方法是使用免疫组织化学(IHC)或原位杂交(ISH)。这些技术对病理学家和分子生物学家来说是无价的工具;然而，它们的吞吐量一次只能分析几个基因。RNA测序(RNA-seq)的最新进展已经使获得大量无偏倚的高通量基因表达数据成为可能。空间转录组学结合了传统空间解决技术的优点和rna测序的巨大吞吐量。在这里，我们提出了一个协议，描述如何应用空间转录组技术到哺乳动物组织。该方案结合了来自完整组织切片的组织学染色和空间分辨RNA-seq数据。一旦建立了合适的组织特异性条件，库的构建和测序可以在大约5.6 d的时间内完成。数据处理需要几个小时，具体时间取决于测序深度。我们的方法不需要特殊的仪器，可以在任何实验室使用低温恒温器、显微镜和下一代测序。