「scRNAseq」Normalization
2020-05-07 本文已影响0人
一路向前_莫问前程_前程似锦
- Normalization aims
1.基因的正常表达不应该与细胞的测序深度相关
2.标准化之后的基因表达的差异应反映细胞间的生物学差异
3.去除系统的非生物变异
4.使count分布具有可比性
5.对于3’ tagged data，通常只进行细胞特异性的归一化
6.对于全长数据，还必须对基因长度进行归一化
- Normalization methods
Main approaches
- Size factors
- Probabilistic methods
• Zero-inflated negative binomial (ZINB) models 零膨胀负二项(ZINB)模型
-
Feature selection 、Selecting genes
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