2023-03-02老师让我帮忙做个图系列
2023-03-01 本文已影响0人
pudding815
2016年Nature高老师Chip-seq数据
需要ICM。TE的富集信号强度
查了GEO有现成的bw下载后deeptools处理
首先，准备genomic feature文件，文章用的mm9
https://www.jianshu.com/p/d6cb795af22a下载教程，下对应的基因组bed注释文件
然后就deeptools画
computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 50 -b 2000 -a 2000 -R mm9_ucsc_refseq.bed -S *.bw --skipZeros --missingDataAsZero -o K27_ICM_TE__TSS.gz
然后plotProfile -m K27_ICM_TE__TSS.gz -out profile_K27_ICM_TE_TSS_merge.pdf --perGroup
