ML树软件iqtree2的安装与使用

1.安装

wget -c https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.2.0/iqtree-2.2.0-Linux.tar.gz
#下载安装包
tar zxf iqtree-2.2.0-Linux.tar.gz
#解压
cd ./iqtree-2.2.0-Linux/bin/
chmod a+x *
#转到下载文件夹并赋予可执行操作
export "PATH=/home/monkeyflower/biosoft/iqtree-2.2.0-Linux/bin/:$PATH"
#添加环境变量
cd /home/monkeyflower/bioworkplace
#转到工作文件夹

2.运行

iqtree2 -s test.fas -m MFP -T 16 -B 1000
#test.fas就是需要建树的比对后的序列矩阵，MFP表示查找模型并建树，-T表示线程，该数值可以进行调整，-B 表示自展值，运行完后就会在序列目录下有结果，treefile文件就是树文件，log里的Best-fit model就是最适模型