1.初识R语言

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、开源的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。R语言是主要用于统计分析、绘图的语言和操作环境。 R本来是由来自新西兰奥克兰大学的Ross Ihaka和Robert Gentleman 开发。 （也因此称为R）现在由“R开发核心团队”负责开发。 R是基于S语言的一个GNU项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。 R的语法是来自Scheme。

2.R软件及Rstudio软件下载及安装

R软件下载（https://www.r-project.org/），目前R软件版本为R-3.5.1，但一般不推荐安装最新R版本。
Rstudio软件下载（https://www.rstudio.com/）,下载免费版本就行了。
一般先装R软件，然后在安装Rstudio软件，不然回报错。
你也可以安装不同的R版本，通过下面这个页面切换不同的R版本。

R软件.png

3.R包的安装

一般来说R包的安装从三个途径安装。一个是R语言官网安装，使用install.packages("包的名字")或者从下面界面安装

R
另外一种是从Bioconductor(https://www.bioconductor.org/)上安装，生物信息学包多是采用这种方法安装，使用以下命令安装：

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(“包的名字”)

后面有一种情况就是包的作者未公开在Bioconductor或者R官网，而是房子gitub上面。采用devtool包来安装，具体用法如下：

library(devtools)
install_githu("作者/包的名字")

实在不知道用那种方法安装可以先google或者必应搜索包的名字看看是怎么安装的。

4.R软件绘图

R软件

代码区：

setwd("H:/head and neck cancer/GSEA/差异分析/10.GO")
library("clusterProfiler")
library("org.Hs.eg.db")
rt=read.table("id.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)

#GO分析
kk <- enrichGO(gene = gene,OrgDb = org.Hs.eg.db, pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff = 0.05)
write.table(kk,file="GO.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)
#barplot
tiff(file="barplot.tiff",width = 20,height = 30,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=300)
barplot(kk, drop = TRUE, showCategory = 47)
dev.off()

报错信息：

R

报错信息是工作路径未设置正确。