使用newick_utils 编辑树文件

Newick格式是进化树最为普遍的储存格式，为方便研究人员更好地对newick格式的文件进行操作，2010年，来自瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics）的Thomas Junier 和Evgeny Zdobnov共同开发了一套名为Newick Utilities的Linux Shell环境下对newick格式树文件的处理和编辑工具。其操作简单，功能强大，容易上手。

下载地址为：https://github.com/tjunier/newick_utils
或http://cegg.unige.ch/newick_utils
或直接使用conda下载

conda install newick_utils

1.可视化树（nw_display）

直接画出树图

nw_display mammals.nwk

2. 统计基本情况（nw_stats）

nw_stats treename

image.png

3. 重新定根（nw_reroot）

4. 提取子树（nw_clade）

5. 裁剪树（nw_prune）

6. 删除bootstrap或枝长信息（nw_topology）

7. 获得距离信息（nw_distance）

8. 重新排序（nw_order）

9. 重命名（nw_rename）