实用干货 | FFPE样本单细胞实测数据展示，让沉睡的样本库焕发

FFPE样本即福尔马林固定石蜡包埋的组织样本，是临床上用来保存病理样本的常用方式，因而具有巨大的研究潜力，但这类样本在进行基因组、转录组、蛋白组等领域研究时，也时常面临一个问题，即由于蛋白质与核酸交联而造成的核酸片段化，这为后续样本的核酸提取和测序等操作带来了很大的挑战。尽管全外显子组测序等技术可实现FFPE样本DNA层面的分析，但FFPE样本RNA的分析，尤其是scRNA-seq的分析，一直是研究的难点痛点。

随着10x Genomics单细胞基因表达Flex（原单细胞Fixed RNA测序）等产品的出现，FFPE样本单细胞转录组的研究迎来了新的突破口。单细胞Flex技术运用探针捕获原理，针对人的18,000多个编码基因设计了对应探针对，捕获长度为50 bp的靶向RNA，与降解的RNA高度兼容，从而实现FFPE样本、PFA固定样本的单细胞基因表达检测。

图1 探针杂交捕获原理

目前，针对FFPE样本单细胞转录组研究已成功应用单细胞基因表达Flex技术，并且获得较为不错的研究结果，下面带来FFPE样本的单细胞实测数据展示。

混样FFPE单细胞基因表达Flex测试

图2 混样FFPE样本单细胞测试数据

FFPE样本质检DV200>30%均符合10x Genomics推荐数值，各样本的基因中位数基本>1000，根据单细胞数据可以得到较为清晰的细胞分群结果，包括各免疫细胞、内皮细胞、成纤维细胞、恶性细胞等。

图3 10x FFPE样本单细胞测试结果

同时10x官方也测试了多种类型的人FFPE组织样本，如脑胶质瘤、乳腺癌、肝癌、前列腺癌、黑色素瘤等，样本年限1-11年不等，样本组织类型不同，基因中位数在400-1500之间。总而言之，单细胞基因表达Flex技术为FFPE样本研究开启了一扇新的大门，这将使得越来越多的回顾性临床样本得以进行数据分析，让单细胞转录组的研究更加灵活。

FFPE样本送样建议

样本来源：人

起始样本量：石蜡卷至少6卷，现切现用，每卷厚度~25µm，组织截面大于0.5cm2

样本年限要求：建议20年以内，进行DV200质控，DV200>30%的样本，属于合格样本

样本寄送：可直接邮寄石蜡块；或邮寄石蜡卷，每两张石蜡卷放入一个1.5mL EP管中，冰袋寄送