单基因生信分析流程（6）单基因相似性分析

第一步，下载COAD数据

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## step1 load package and change Working Directory
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library(TCGAbiolinks)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(tibble)
library(edgeR)
library(limma)
rm(list=ls())
setwd('D:\\SCIwork\\F20ELFN1\\COAD')


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## step2 download the expresssion data of lncRNA and mRNA
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query <- GDCquery(project = "TCGA-COAD", 
                  data.category = "Transcriptome Profiling", 
                  data.type = "Gene Expression Quantification", 
                  workflow.type = "HTSeq - Counts")



GDCdownload(query, method = "api", files.per.chunk = 50)

library(SummarizedExperiment)

expdat <- GDCprepare(query = query,   save = TRUE, save.filename = "exp.rda")


count_matrix = as.data.frame(assay(expdat))

第二步，注释表达量