本地blast
2021-08-30 本文已影响0人
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建库
makeblastdb -in ./amur_ide/mRNA_coreset.fasta -dbtype nucl -out mrna_blast
----------------------------------------------------------------------------
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：数据库类型，prot或nucl
-out：数据库名
比对
blastn -query ./amur_ide/danio_rerio_ca15.fasta -out seq.blast -db ./mrna_blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
------------------------------------------------------------------------------------
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_threads：线程数
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应之前BLAST的m8格式,结果中从左到右每一列的意义分别是：
Query_id Subject_id %_identity alignment_length mismatches gap_openings q.start q.end s.start s.end e-value bit_score
AKS24976.1 ABU86350.1 25.446 224 149 9 713 931 2 212 3.23e-05 38.1
AKS24976.1 ABU86150.1 38.596 57 34 1 599 655 16 71 8.09e-05 36.6
AKS24976.1 ABU86161.1 38.667 75 42 2 578 652 14 84 9.06e-05 37.0
AKS24976.1 ABU86160.1 38.667 75 42 2 578 652 14 84 9.06e-05 37.0
AKS24976.1 ABU86162.1 38.667 75 42 2 578 652 14 84 9.31e-05 37.0
AKS24976.1 ABU86154.1 38.596 57 34 1 599 655 16 71 9.70e-05 36.6
AKS24976.1 ABU86152.1 38.596 57 34 1 599 655 16 71 9.70e-05 36.6
AKS24976.1 ABU86329.1 39.130 69 38 2 599 664 83 150 2.51e-04 34.7
AKS24976.1 ABU86326.1 39.130 69 38 2 599 664 83 150 2.51e-04 34.7
AKS24976.1 ABU86325.1 39.130 69 38 2 599 664 83 150 2.51e-04 34.7
