@(Dayueban)[肠道菌群|alpha多样性|beta多样性]

导读

很多时候我们往往拿着现成的数据就开始分析了（因为有师兄师姐的代码啊教程啊），或者干脆是公司测序和分析一并搞定，自己只要写paper就好了（往往有很多人连公司给的结题报告都看不懂）。其实我差不多也是这样，但是好在我悬崖勒马，知道应该在会做的同时应该知道点基本原理的东西（虽然并不懂得什么高大上的算法）

菌群分析的基本点

我是做猪的肠道菌群方面的，肠道菌群也是生态学的范畴，所以评判生态学的一些指标常常运用到此，比如最基本的alpha多样性，beta多样性。

alpha多样性

• alpha多样性运用到肠道菌群分析中，是用来衡量个体内菌群的一个多样性如何，注意是单个个体，不涉及个体间的比较。

beta多样性

• 而beta多样性的计算是为了表征个体间微生物组成相似性的一个指标，个体之间物种的有无和不一致性通常影响beta多样性指数，当然alpha多样性指数也会影响beta多样性指数。

一图看懂

为了言简意赅，我将alpha多样性和beta多样性手写了出来，如下图所示

图1 alpha-beta多样性

参考

[1] Sex, Microbes, and Polycystic Ovary Syndrome