GWAS分析-说人话（15）- 如何查看SNP所在的基因
前言
当我们获得一堆“感兴趣”/“有意义”的SNPs之后，
怎样知道这些SNPs所在的基因呢？
不要告诉我一个一个在pubmed查就好～
我们需要知道Plink哪个参数可以帮我们做这个事情（这个肯定不只是我们遇到的问题，大神们早就遇到了～）——“--annotate”
代码格式如下：
plink --annotate myfile.assoc attrib=snp129.attrib.gz ranges=glist.txt
好呢，秒懂的大神们请直接飘过～
这个“说明书”是什么意思？
是说plink这个软件调动后啊，如果调动--annotate这个功能去命名你想匹配的SNPs列表（myfile.assoc），还需要告诉plink匹配SNPs使用的SNPs列表（attrib=snp129.attrib.gz），以及一个基因列表（ranges=glist.txt）。
尽管官网上已经很“友善”地列出了1-2-3步，但是嘛，如果那是人话，都不用写这个玩意了～
Step 1准备一个txt文件，必须包括4列，格式如下
CHR，SNP，BP和P4列
好的，Excel打开是张这样的（我这个系列就是不打算用什么高端操作整理数据的）
把你分析出来的SNPs所在染色体，SNP号码，BP，P值复制黏贴到一个表格上～
注意：记得，表头是要有的！！！
电脑是很蠢的，说了是怎样的格式，就是怎样的格式，否则根本识别不了！～
Step 2:准备一个SNPs的信息表
当中包括这些内容～
不要慌，这个官网上就有下载的～
正正就在红色的NOTE（截图最后一行的链接处）～
下载地方
人话风格，就在这里：http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/res.shtml#attrib
邮件另存为：SNP attributes: snp129.attrib.gz （这个文件）～
Step 3 准备一个glist文件
glist文件其实就是“基因的坐标系”，第一列是基因所在的染色体号码，第二到第三列是基因所在的范围，打比方说，两个人买了电影票，也要在屏幕下的那么多个位置中对号入座入座吧？最后一列就是基因名字。
这是官网的第三步
经典套路，这个文件也是在NOTE后面的链接里下载的。
点进去后，这里就有两个文件可以下载了：hg18和hg17
hg18和hg17
根据自己的需要，邮件另存为其中一个文件就可以了（本操作使用hg17）
好了！！！官网就到这里了，你们说是人话吗？
来吧，我接着补充：
Step 4 把刚刚下载的和准备的文件，放在一个文件夹中～
文件夹中的文件
（当然，你不放在同一个文件夹也是可以的，plink的时候告知路径就可以了）
Step 5 发动plink魔法阵～
/XXX/plink_mac_20190617/plink --noweb --annotate /XXX/Desktop/20200224/genes/allsnpprevious.txt attrib=/XXX/Desktop/20200224/genes/snp129.attrib ranges=/XXX/Desktop/20200224/genes/glist-hg17.txt
没错，就是套用一开始说明书的命令（这就是为什么打算一开始就知道咋弄的原因～）
我还是解释一下：
/XXX/plink_mac_20190617/plink --noweb --annotate
这里是告诉电脑plink位置，需要使用--annotate 命令
（注意--annotate和后面的/XXX/Desktop/20200224/genes/allsnpprevious.txt要有一个空格的间隔）
（这个是基本的命令行操作的要求了～否则傻傻的电脑不知道这个是命令行，要他做什么，然后就只会报错了～）
/XXX/Desktop/20200224/genes/allsnpprevious.txt
这里是告诉plink你SNPs列表的位置
attrib=/XXX/Desktop/20200224/genes/snp129.attrib
这里是告诉plink你的这 是告诉plink你的snp129.attrib文件的位置
ranges=/XXX/Desktop/20200224/genes/glist-hg17.txt
这里是告诉plink你的这 是告诉plink你的glist-hg17.txt文件的位置
Step 6 最后的数据长这样：
由于文章未发表，就不截图了，直接上官网的结果（一模一样的）
官网其实还是尽力了的，告诉你（0）这样就是完全匹配，（+5kb）就是在该基因5kb以外的地方
当然，对于新手，连打开哪个文件都是不知道的（蓝色这个）：
右键，选择Excel打开～
后记：
1.其实本质上，就是要告诉这个软件1.你的SNPs是什么？ 2.记录了SNP的一个全表，3.记录了基因的一个全表，然后“非诚勿扰”那样相亲，匹配～
2.中间有一个设计基本功的地方了：hg17和hg18.
首先，这个是人类的基因组版本，
其实人类基因组计划启动20年了，不断更新，因此出了很多基因组版本
摘抄如下，出处见参考文献：
2013年的GRCh38/hg38 （最新）
2009年的GRCh37/hg19 （常用，Feb. 2009 (hg19, GRCh37)这个是重点）
2006年的GRCh36/hg18 （最新？Mar 2006 assembly = hg18 = NCBI36.）
2004年的GRCh35/hg17 （常用，May 2004 assembly = hg17 = NCBI35.）
2003年的（July 2003 assembly = hg16 = NCBI34）
以前的老版本就不用看啦，现在其实都已经有hg38出来啦，GRCh38 (NCBI) and hg38(UCSC)
参考文献：
1.Plink官网：http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/index.shtml 。
3.生信菜鸟团的：Hg19基因组的分析。
