技能——gtf转为bed12
2022-01-12 本文已影响0人
Bio_Infor
今天在使用 RseQC 时需要将参考基因组 GTF 文件转换为 bed12 文件，下面是记录下来的方法：
用到的工具
UCSC 的 gtfToGenePred 和 genePredToBed 工具，下载安装：
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToBed
chmod u+x gtfToGenePred genePredToBed
方法
gtfToGenePred genes.gtf genes.genePred
genePredToBed genes.genePred genes.bed
结束，撒花~
